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scran单细胞数据归一化与质控参数优化

共计 30 章节
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01
scran包简介
设计理念 · 应用场景与优势
scran包简介
02
开发环境搭建
R语言 · Bioconductor与scran…
开发环境搭建R语言
03
单细胞RNA-seq数据入门
表达矩阵与元数据格式
RNA-seq单细胞
04
创建SingleCellExperiment对象
核心数据结构讲解
SingleCellEx…创建
05
质控指标总览
总UMI计数 · 基因数 · 线粒体比例
质控指标总览UMI
06
使用quickPerCellQC进行自动化质控
使用quickPerCellQC进行自动… · 核心概念 · 实践要点
quickPerCell…使用
07
异常细胞检测方法
基于mad · 基于分位数
异常细胞检测方法mad
08
参数调优实战
调整mean偏移阈值
参数调优实战mean
09
参数调优实战
调整方差倍数阈值
参数调优实战调整方差倍数阈值
10
双细胞检测原理
scran中的doubletDete…
双细胞检测原理scran
11
双细胞检测参数调优
neighbors与p值的平衡
双细胞检测参数调…neighbors
12
过滤前的数据诊断
绘制质控指标分布图
过滤前的数据诊断绘制质控指标分布…
13
手动过滤策略
组合多个指标的灵活做法
手动过滤策略组合多个指标的灵…
14
标准化基础
为什么需要size factors
标准化基础size
15
computeSumFactors原理与默认参数
computeSumFactors原理与… · 核心概念 · 实践要点
computeSumFa…原理
16
基于聚类的size factor计算
preclustering参数详解
sizefactor
17
参数调优
设置min.mean与positiv…
参数调优min.mean
18
logNormCounts详解
从size factors到归一化矩…
logNormCount…size
19
高度可变基因选择
modelGeneVar与参数调整
高度可变基因选择modelGeneVar
20
FDR阈值的艺术
如何在灵敏度与特异性间取舍
FDR阈值的艺术
21
降维前的质控影响
PCA对异常细胞的敏感性
降维前的质控影响PCA
22
完整流程串联
从原始数据到高质量表达矩阵
完整流程串联从原始数据到高质…
23
案例1
人类PBMC数据质控参数调优全流程
案例1PBMC
24
案例2
小鼠脑组织数据质控参数调优全流程
案例2小鼠脑组织数据质…
25
参数对比实验
不同阈值下保留细胞数差异
参数对比实验不同阈值下保留细…
26
可视化验证
UMAP上标记被过滤的细胞
可视化验证UMAP
27
自动参数优化
基于Elbow方法确定最佳阈值
自动参数优化Elbow
28
处理批次效应
在质控阶段整合多批次数据
处理批次效应质控阶段整合多批…
29
常见问题与排错
内存不足 · 参数失效 · 标记异常
常见问题排错
30
总结与进阶
scran质控框架在其他场景的迁移
进阶scran