VIP20
本课程属于：039-单细胞空间整合批次质控 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

scVI与BBKNN算法适用场景解析

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
单细胞转录组数据分析概述与挑战
单细胞转录组数据分析概述与挑战 · 核心概念 · 实践要点
单细胞转录组数据…挑战
02
scVI算法简介与发展历程
scVI算法简介与发展历程 · 核心概念 · 实践要点
scVI算法简介
03
BBKNN算法简介与发展历程
BBKNN算法简介与发展历程 · 核心概念 · 实践要点
BBKNN算法简介
04
scVI的核心思想
变分自编码器
scVI的核心思想
05
BBKNN的核心思想
基于平衡k近邻的批次校正
BBKNN的核心思想
06
scVI的数学原理（一）
生成过程与隐变量
scVI的数学原理
07
scVI的数学原理（二）
证据下界与优化
scVI的数学原理
08
BBKNN的数学原理
拓扑保持与图构建
BBKNN的数学原理
09
scVI的适用场景
大规模数据 · 高稀疏度
scVI的适用场景
10
BBKNN的适用场景
快速批量校正 · 多批次整合
BBKNN的适用场景
11
scVI vs BBKNN
适用场景对比（一）数据规模
scVIvs
12
scVI vs BBKNN
适用场景对比（二）批次效应强度
scVIvs
13
scVI vs BBKNN
适用场景对比（三）生物学变异保留
scVIvs
14
scVI vs BBKNN
适用场景对比（四）计算资源需求
scVIvs
15
scVI的典型应用
肿瘤异质性分析
scVI的典型应用
16
BBKNN的典型应用
跨平台数据整合
BBKNN的典型应用
17
scVI与其他VAE方法（如scArches, totalVI）的场景选择
scVI与其他VAE方法（如scArch… · 核心概念 · 实践要点
scVIVAE
18
BBKNN与其他图方法（如MNN, Harmony）的场景选择
BBKNN与其他图方法（如MNN · 核心概念 · 实践要点
BBKNNMNN
19
结合使用scVI和BBKNN的混合策略
结合使用scVI和BBKNN的混合策略 · 核心概念 · 实践要点
scVIBBKNN
20
实际案例
10x Genomics PBMC数…
实际案例Genomics
21
实际案例
多个公共数据集使用BBKNN整合
实际案例BBKNN
22
预处理对scVI和BBKNN的影响
预处理对scVI和BBKNN的影响 · 核心概念 · 实践要点
scVIBBKNN
23
参数调优
scVI的n_latent · n_layers等
参数调优scVI
24
参数调优
BBKNN的neighbors · batch等
参数调优BBKNN
25
评估指标
如何评判整合效果（iLISI · kBET等）
评估指标iLISI
26
可视化方法
UMAP/t-SNE在scVI和BB…
可视化方法UMAP/t-SNE
27
局限性分析
scVI的过平滑问题
局限性分析scVI
28
局限性分析
BBKNN的邻域选择偏差
局限性分析BBKNN
29
未来趋势
深度学习和图方法在单细胞整合中的发展
未来趋势深度学习
30
课程总结与最佳实践建议
课程总结与最佳实践建议 · 核心概念 · 实践要点
课程总结最佳实践建议