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基因组注释多批次质量评估与数据校正

共计 30 章节
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01
课程导论
为什么需要批次质控？基因组注释中批次…
课程导论为什么需要批次质…
02
基因组注释基础
参考基因组 · 基因模型 · 转录本
基因组注释基础参考基因组
03
批次效应概述
定义 · 常见产生原因（实验批次 · 测序批次
批次效应概述定义
04
质控数据格式
FASTA · FASTQ · GFF3
质控数据格式FASTA
05
原始测序数据质控
FastQC基础使用与质量报告解读
原始测序数据质控FastQC
06
数据预处理
Trimmomatic/Trimmo… · cutadapt去除接头与低质量碱基
数据预处理Trimmomatic/…
07
比对与比对质控
STAR · HISAT2比对 · 比对率
比对比对质控
08
转录本组装
StringTie · Cufflinks组装及批次间差异
转录本组装StringTie
09
基因结构注释
同源预测 · 从头预测 · RNA-seq辅助注释方法
基因结构注释同源预测
10
功能注释
GO · KEGG · InterProScan等数据库映射…
功能注释GO
11
批次效应检测方法
PCA · t-SNE · UMAP可视化初步判断
批次效应检测方法PCA
12
批次效应量化指标
Silhouette宽度 · Adjusted Rand Inde… · 批次互信息
批次效应量化指标Silhouette
13
主成分分析（PCA）在批次检测中的应用
批量校正前/后对比
PCA主成分分析
14
经典批次校正工具——ComBat
原理 · 参数 · 在基因表达矩阵上的使用
ComBat经典批次校正工具
15
limma包与voom
批量校正和差异分析结合
limmavoom
16
sva包与Surrogate Variable Analysis
估计隐藏批次变量
svaSurrogate
17
基于残差的批次校正（RUVSeq）
控制基因与因子分析
RUVSeq基于残差的批次校…
18
基于深度学习的批次校正
scVI · Harmony在单细胞中的应用类比
基于深度学习的批…scVI
19
注释结果一致性评估
基因数量 · 外显子数目 · 转录本长度分布对比
注释结果一致性评…基因数量
20
批次间序列相似性分析
BLAT · minimap2交叉比对同源性
批次间序列相似性…BLAT
21
注释结构完整性检查
AUROC · AUPRC评估基因模型完整性
注释结构完整性检…AUROC
22
假阳性与假阴性控制
重复区域过滤 · 低复杂度序列处理
假阳性假阴性控制
23
多批次注释合并策略
EvidenceCode合并 · 人工审查流程
多批次注释合并策…EvidenceCode
24
自动质控脚本编写
Python/Nextflow/Sn…
自动质控脚本编写Python/Nextf…
25
质控报告生成
MultiQC集成所有QC结果生成统…
质控报告生成MultiQC
26
实践案例1
双批次RNA-seq从头注释的质控流…
实践案例1RNA-seq
27
实践案例2
多物种同源注释批次合并后的质量评估
实践案例2多物种同源注释批…
28
实践案例3
单细胞转录组批次校正对细胞注释的影响
实践案例3单细胞转录组批次…
29
常见问题与避坑指南
批次校正是万能吗？过度校正的陷阱
常见问题避坑指南
30
课程总结与展望
长读长测序 · 三代注释对批次质控的新挑战
课程总结长读长测序