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BLAST序列比对可视化与结果分析

共计 30 章节
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01
BLAST简介
发展历史 · 基本原理与常用变体（blastn · blastp
BLAST简介
02
BLAST数据库
NCBI非冗余数据库 · 参考基因组数据库 · 自定义数据库构建
BLAST数据库
03
BLAST命令行工具
安装（conda/manual） · 配置环境变量 · 基本用法
BLAST命令行工具
04
BLAST参数详解
e-value · word size · matrix
BLAST参数详解
05
BLAST输出格式
pairwise · tabular · XML
BLAST输出格式
06
BLAST结果可视化概述
dot plot · 热图 · Circos图
BLAST结果可视化概述
07
基于Python的BLAST解析
Biopython的NCBIXML · SearchIO模块
PythonBLAST
08
BLAST dot plot原理
序列自比对 · 跨物种比对 · 窗口与阈值
BLASTdot
09
使用matplotlib绘制BLAST dot plot
对齐矩阵 · 颜色映射 · 标签
matplotlibBLAST
10
序列相似性矩阵与热图
计算pairwise identit… · 绘制heatmap
序列相似性矩阵热图
11
BLAST统计指标
bitscore · e-value分布 · coverage
BLAST统计指标
12
多序列比对与BLAST整合
Clustal Omega · MAFFT与BLAST结果对比
BLAST多序列比对
13
BLAST结果过滤
基于e-value · score · length的过滤策略
BLAST结果过滤
14
基于BLAST的基因功能注释
使用blast2go · InterProScan
BLAST基于
15
BLAST与系统发育分析
提取同源序列 · 构建进化树
BLAST系统发育分析
16
全基因组比对
使用MUMmer · LASTZ与BLAST的比较
全基因组比对MUMmer
17
大规模BLAST数据处理
并行化（GNU parallel · SLURM） · 分块策略
BLAST大规模
18
加速BLAST
Diamond · MMseqs2 · RAPSearch等工具对比
BLAST加速
19
BLAST结果导出
CSV · Excel · JSON格式转换与Pandas分析
BLAST结果导出
20
BLAST结果交互式可视化
Plotly · Bokeh · Dash构建Web应用
BLAST结果交互式可视化
21
BLAST Web服务器搭建
NCBI BLAST+ CGI · Django/Flask后端
BLASTWeb
22
BLAST并行计算
MPI · 多线程 · GPU加速（如CUBLAST）
BLAST并行计算
23
BLAST重复区域检测
RepeatMasker · TRF与BLAST结合
BLAST重复区域检测
24
BLAST比对图谱中的结构变异
插入 · 缺失 · 易位识别
BLAST比对图谱
25
长序列比对BLAST策略
megablast · discontiguous mega… · tblastn
BLAST长序列比对
26
BLAST结果质控
自比对 · 交叉污染检测 · 假阳性评估
BLAST结果质控
27
基于BLAST的引物设计
提取保守区域 · Primer3集成
BLAST基于
28
BLAST在宏基因组中的应用
物种分类 · 功能基因挖掘
BLAST宏基因组
29
BLAST结果数据库存储与查询
SQLite/PostgreSQL · Elasticsearch
BLAST结果数据库存储
30
BLAST实战案例分析
新冠病毒基因组比对与变异分析
BLAST实战案例分析