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BLAST与InterProScan联合注释结果质控

共计 30 章节
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01
BLAST概述
发展历史 · 基本原理（局部比对） · 主要变体（blastn
BLAST发展历史
02
InterProScan概述
功能域数据库（Pfam · SMART · Gene3D等）
InterProScanPfam
03
序列质量控制基础
FASTA/Q格式解析 · Phred质量评分标准 · 低质量序列过滤方法
序列质量控制基础FASTA/Q
04
BLAST数据库构建
makeblastdb用法 · NT/NR数据库选择 · 自定义数据库构建
BLAST数据库构建
05
BLAST参数调优
e-value阈值 · word size · gap penalties对结果灵敏…
BLAST参数调优
06
BLAST结果解析
输出格式（pairwise · tabular · XML）
BLAST结果解析
07
InterProScan安装与配置
命令行安装 · 依赖环境（Java · Perl）
InterProScan安装
08
InterProScan运行参数详解
-appl · -goterms · -iprlookup
InterProScan运行参数详解
09
InterProScan结果格式
TSV · JSON · GFF3字段含义
InterProScan结果格式
10
BLAST与InterProScan联合质控概念
双重验证降低假阳性 · 互补优势
BLASTInterProScan
11
序列预处理
去接头（cutadapt） · 去重复（seqkit） · 长度过滤（seqkit）的实践
序列预处理cutadapt
12
BLAST过滤低质量匹配
基于e-value和bitscore… · 剔除弱匹配
BLAST过滤低质量匹配
13
InterProScan过滤低置信注释
基于域预测的score和e-valu…
InterProScan过滤低置信注释
14
联合策略选择
先BLAST后InterProSca…
联合策略选择BLAST
15
交叉验证方法
比对hits与InterPro do… · 计算重叠率
交叉验证方法hits
16
阈值选择原则
ROC曲线应用 · 灵敏度与特异性的权衡 · 经验值参考
阈值选择原则ROC
17
统计质控指标
比对覆盖率 · domain覆盖率 · 物种分布与功能富集分析
统计质控指标比对覆盖率
18
多序列比对辅助质控
Clustal Omega生成保守区… · 检查域完整性
多序列比对辅助质…Clustal
19
假阳性案例识别
嵌合序列 · 重复域 · 非特异性hits（如低复杂度区域）的…
假阳性案例识别嵌合序列
20
假阴性案例识别
长度过短 · 域高度变异 · 非保守区缺失的原因及处理
假阴性案例识别长度过短
21
高通量数据质控
批处理并行化（xargs · parallel） · 内存与I/O优化
高通量数据质控xargs
22
结果整合自动化
Python/R脚本解析BLAST与… · 合并表格
结果整合自动化Python/R
23
可视化质控
用matplotlib/ggplot… · coverage长度图 · 域排名图
可视化质控matplotlib/g…
24
报告生成
自动生成HTML/PDF质控报告 · 包含统计汇总与异常警示
报告生成HTML/PDF
25
版本控制与可重复性
记录软件版本 · 参数文件 · 数据库版本（conda/mamba环…
版本控制可重复性
26
常见错误排查
BLAST无法打开数据库 · InterProScan内存溢出 · XML解析错误等
常见错误排查BLAST
27
云平台实践
在AWS/阿里云上部署大规模联合质控… · 使用spot实例降低成本
云平台实践AWS
28
案例研究一
环境宏基因组中功能注释的质控流程与结…
案例研究一环境宏基因组
29
案例研究二
病原微生物耐药基因检测中BLAST+…
案例研究二BLAST+
30
前沿技术
深度学习预测（如DeepFam）与B…
前沿技术DeepFam