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edgeR批次协变量建模与差异表达分析

共计 30 章节
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01
edgeR简介与安装
edgeR简介与安装 · 核心概念 · 实践要点
edgeR简介
02
批次效应概念与重要性
批次效应概念与重要性 · 核心概念 · 实践要点
批次效应概念重要性
03
R语言与Bioconductor环境准备
R语言与Bioconductor环境准备 · 核心概念 · 实践要点
BioconductorR语言
04
读取RNA-seq计数数据
读取RNA-seq计数数据 · 核心概念 · 实践要点
RNA-seq读取
05
创建DGEList对象
创建DGEList对象 · 核心概念 · 实践要点
DGEList创建
06
数据过滤低表达基因
数据过滤低表达基因 · 核心概念 · 实践要点
数据过滤低表达基…重点
07
计算标准化因子（TMM）
计算标准化因子（TMM） · 核心概念 · 实践要点
TMM计算标准化因子
08
批次因子作为协变量的设计矩阵构建
批次因子作为协变量的设计矩阵构建 · 核心概念 · 实践要点
批次因子作为协变…重点
09
设计矩阵中的批次变量编码
设计矩阵中的批次变量编码 · 核心概念 · 实践要点
设计矩阵批次变量编码
10
估计公共离散度
估计公共离散度 · 核心概念 · 实践要点
估计公共离散度重点
11
估计趋势离散度
估计趋势离散度 · 核心概念 · 实践要点
估计趋势离散度重点
12
估计基因特异性离散度
估计基因特异性离散度 · 核心概念 · 实践要点
估计基因特异性离…重点
13
使用glmQLFit拟合准似然模型
使用glmQLFit拟合准似然模型 · 核心概念 · 实践要点
glmQLFit使用
14
使用glmFit拟合负二项模型
使用glmFit拟合负二项模型 · 核心概念 · 实践要点
glmFit使用
15
包含批次协变量的模型对比
包含批次协变量的模型对比 · 核心概念 · 实践要点
包含批次协变量的…重点
16
似然比检验 (glmLRT)
似然比检验 (glmLRT) · 核心概念 · 实践要点
glmLRT似然比检验
17
准似然F检验 (glmQLFTest)
准似然F检验 (glmQLFTest) · 核心概念 · 实践要点
glmQLFTest准似然F检验
18
提取差异表达结果
提取差异表达结果 · 核心概念 · 实践要点
提取差异表达结果重点
19
结果注释与排序
结果注释与排序 · 核心概念 · 实践要点
结果注释排序
20
批次效应可视化
MDS图
批次效应可视化MDS
21
批次效应可视化
热图与聚类
批次效应可视化热图
22
批次效应可视化
PCA图
批次效应可视化PCA
23
评估批次校正效果
评估批次校正效果 · 核心概念 · 实践要点
评估批次校正效果重点
24
无批次校正与有批次校正结果对比
无批次校正与有批次校正结果对比 · 核心概念 · 实践要点
无批次校正有批次校正结果对…
25
处理多批次情况
处理多批次情况 · 核心概念 · 实践要点
处理多批次情况重点
26
批次与生物学因素交互作用
批次与生物学因素交互作用 · 核心概念 · 实践要点
批次生物学因素交互作…
27
移除批次效应的替代方法（如ComBat）
移除批次效应的替代方法（如ComBat） · 核心概念 · 实践要点
ComBat移除批次效应的替…
28
使用limma-voom与批次协变量
使用limma-voom与批次协变量 · 核心概念 · 实践要点
limma-voom使用
29
edgeR报告生成与保存
edgeR报告生成与保存 · 核心概念 · 实践要点
edgeR报告生成
30
实战案例分析
真实RNA-seq数据批次校正
实战案例分析RNA-seq