第3章：R语言与Bioconductor环境准备
这一章，咱们把"厨房"先搭好。做批次效应校正，说白了就是在R里跑edgeR这个包。要是R环境都没配利索，后面再牛的代码也跑不起来。我见过太多人卡在第一步——装不上包，或者版本冲突，然后跑来问我"为什么我的edgeR报错"。
嗯，咱一步步来，别急。
3.1 底层的R语言版本
先说R本身。Bioconductor的包对R版本有严格要求——每年4月和10月发布正式版，绝大多数时候你装最新的大版本就行。我建议用R ≥ 4.3，因为edgeR的最近几个版本都依赖较新的底层矩阵运算库。
你可以去CRAN官网下载对应系统的安装包。Windows用户直接下载.exe，macOS用户选.pkg，Linux用户可以用包管理器（比如apt install r-base）。装完打开终端敲一下：
R --version如果看到版本号，说明装好了。我一般习惯在终端里跑R，但写复杂脚本时用RStudio更方便。
3.2 推荐IDE：RStudio
虽然R自带的GUI也能用，但说实话——不方便。项目管理、代码高亮、绘图预览，这些功能RStudio都帮你包了。尤其是调试边缘情况时，RStudio的断点功能能省你一半时间。
安装很简单：去RStudio官网下载免费开源的RStudio Desktop。注意：要保证RStudio版本和R大版本匹配。比如R 4.3.x要装RStudio 2023.06或更新的版本。
装完后打开RStudio，在Console里输入：
getRversion()确认版本在4.3以上。我曾经遇到一个同事，R装了4.2，RStudio却装了个旧版，结果某些包编译通不过——你想想看，这种低级坑只要多留意一下就能避免。
3.3 Bioconductor的安装
Bioconductor是专门为生物信息学设计的R包仓库。它有自己的安装函数——BiocManager::install()。你不能直接用install.packages()，因为那些包不在CRAN上。
装BiocManager很简单，在R里跑一行：
install.packages("BiocManager")然后就能用这个管理器装edgeR了：
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("edgeR")装好后验证一下：
library(edgeR)
packageVersion("edgeR")如果没报错，edgeR就装好了。不过这里有个细节——Bioconductor的版本和R版本是一一对应的。比如R 4.3对应Bioconductor 3.18（具体版本号每年更新）。你不需要手动指定版本，BiocManager::install()会自动匹配。
modelMatrixMeth）找不到。解决方法很简单——把系统默认R切换到新版，或者用conda建隔离环境。
3.4 其他依赖包
edgeR本身的依赖并不多，但实际分析时往往还需要这几个包：
| 包名 | 作用 | 安装命令 |
|---|---|---|
| limma | 差异表达分析（edgeR常和limma配合） | BiocManager::install("limma") |
| statmod | 精确检验所需的统计模型 | install.packages("statmod") |
| ggplot2 | 绘图（做MDS图、火山图时用） | install.packages("ggplot2") |
| dplyr | 数据操纵 | install.packages("dplyr") |
你可以在一个脚本里批量装：
packages <- c("BiocManager", "edgeR", "limma", "statmod", "ggplot2", "dplyr")
for (pkg in packages) {
if (!requireNamespace(pkg, quietly = TRUE)) {
if (pkg %in% installed.packages()[, "Package"]) next
if (pkg %in% c("edgeR", "limma")) {
BiocManager::install(pkg)
} else {
install.packages(pkg)
}
}
}为啥要这样写？因为有的包来自CRAN，有的来自Bioconductor，它们的安装方式不同。我个人写环境配置脚本时都是直接判断来源，省得记混。
3.5 环境配置的流程总结
做过很多次了，我把流程画成一张图，方便你对照检查：
从上往下看：先装好R，再装RStudio（可选但推荐），同时配置CRAN镜像（国内可以设https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/，下载速度快很多）。然后装BiocManager，接着装edgeR和它的小伙伴。最后用library()验证一下。这一步做完，你的环境就准备好了。
3.6 一点小补充：Session Info
我每次开始一个新分析，第一行代码总是：
sessionInfo()为什么？因为以后你要复现分析、或者找别人帮你debug时，这个信息太太太重要了。它能告诉你R版本、操作系统、所有加载的包的版本。我建议你把它保存到日志里：
sink("session_info.txt")
sessionInfo()
sink()有了这个，别人一看就知道："哦，你用的是R 4.3.1，edgeR 4.2.0，那没问题。" 省得来回问版本。
library(edgeR)。