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Conda创建RNA-seq分析环境实战指南

共计 30 章节
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01
Conda简介
为什么使用Conda进行生物信息学环…
Conda简介
02
Conda安装
在Linux/Mac/Windows…
Conda安装
03
Conda基础命令
create · activate · deactivate
Conda基础命令
04
Channel配置
添加bioconda · conda-forge等频道
Channel配置
05
环境管理
创建 · 克隆 · 导出环境
环境管理创建
06
环境隔离
不同项目使用不同环境
环境隔离不同项目使用不同…
07
RNA-seq分析概述
从原始数据到表达矩阵
RNA-seq分析概述
08
质量控制
FastQC和多QC汇总
质量控制FastQC
09
原始数据清洗
Trimmomatic或cutada…
原始数据清洗Trimmomatic
10
比对工具
HISAT2或STAR安装
比对工具HISAT2
11
比对实践
RNA-seq reads比对到参考…
比对实践RNA-seq
12
SAMtools安装与使用
处理比对文件
SAMtools安装
13
转录本组装
StringTie安装
转录本组装StringTie
14
转录本定量
featureCounts或HTSe…
转录本定量featureCount…
15
差异表达分析
DESeq2环境创建
差异表达分析DESeq2
16
R语言环境
使用Conda安装R和R包
R语言环境Conda
17
创建全流程环境
整合所有工具的环境文件
创建全流程环境整合所有工具的环…
18
环境导出与分享
environment.yml文件
环境导出分享
19
使用Bioconda安装生物信息学软件
使用Bioconda安装生物信息学软件 · 核心概念 · 实践要点
Bioconda使用
20
处理依赖冲突
解决安装中的常见问题
处理依赖冲突解决安装
21
使用Mamba加速安装
使用Mamba加速安装 · 核心概念 · 实践要点
Mamba使用
22
在HPC集群上使用Conda环境
在HPC集群上使用Conda环境 · 核心概念 · 实践要点
HPCConda
23
环境缓存管理
清理未使用的包
环境缓存管理清理未使用的包
24
创建Snakemake工作流环境
创建Snakemake工作流环境 · 核心概念 · 实践要点
Snakemake创建
25
使用Jupyter Notebook进行交互分析
使用Jupyter Notebook进行… · 核心概念 · 实践要点
JupyterNotebook
26
可视化工具
IGV · R的ggplot2等安装
可视化工具IGV
27
多版本管理
不同STAR版本共存
多版本管理STAR
28
实战
人类RNA-seq数据从头到尾分析环…
RNA-seq人类
29
实战
植物RNA-seq环境搭建与差异分析
RNA-seq植物
30
总结与最佳实践
Conda在RNA-seq中的最佳实…
最佳实践Conda