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ComBat与RUV批次校正方法对比与选择

共计 30 章节
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01
批次效应概述
什么是批次效应 · 为什么需要校正
批次效应概述什么是批次效应
02
批次效应检测方法
PCA · 热图 · 变异来源分析等
批次效应检测方法PCA
03
常见批次校正方法概览
ComBat · RUV · limma等
常见批次校正方法…ComBat
04
ComBat原理介绍
基于位置与尺度调整的贝叶斯方法
ComBat原理介绍
05
ComBat数学推导
先验分布 · 参数估计（浅显）
ComBat数学推导
06
ComBat参数详解
mod · prior.plots · mean.only等
ComBat参数详解
07
ComBat实战
在R中使用sva包进行校正（代码示例…
ComBatsva
08
ComBat在Python中的实现
使用pycombat或combat.…
ComBatPython
09
ComBat的优缺点分析
ComBat的优缺点分析 · 核心概念 · 实践要点
ComBat的优缺点分析
10
RUV方法概述
基于因子分析的无监督校正
RUV方法概述
11
RUV模型原理
RUV-2 · RUV-4 · RUV-inv等变体
RUV模型原理
12
RUV-2实现
利用负对照基因估计变异
RUV-2实现
13
RUV-4实现
利用已知因子和负对照
RUV-4实现
14
RUV-seq
针对RNA-seq数据的适配
RUV-seqRNA-seq
15
RUV实战
在R中使用RUVseq包
RUVRUVseq
16
RUV在Python中的替代
使用pyRUV或手动实现
RUVPython
17
RUV的优缺点分析
RUV的优缺点分析 · 核心概念 · 实践要点
RUV的优缺点分析
18
ComBat vs RUV
理论对比
ComBatvs
19
适用场景
何时用ComBat · 何时用RUV
适用场景ComBat
20
性能评估指标
通过模拟数据比较
性能评估指标通过模拟数据比较
21
实战案例1
基因表达数据批次校正（ComBat）
实战案例1ComBat
22
实战案例2
甲基化数据批次校正（RUV）
实战案例2RUV
23
实战案例3
多批次混合数据校正（组合方法）
实战案例3多批次混合数据校…
24
参数调优
ComBat中的prior.plot…
参数调优ComBat
25
参数调优
RUV中k值选择
参数调优RUV
26
批次校正后的验证
检查校正效果（箱线图 · 密度图 · PCA）
批次校正后的验证检查校正效果
27
常见陷阱
过度校正 · 引入假阳性
常见陷阱过度校正
28
我的经验分享
真实项目中遇到的批次校正问题
我的经验分享真实项目
29
其他先进方法
Harmony · limma removeBatchE…
其他先进方法Harmony
30
总结与建议
选择批次校正方法的工作流
建议选择批次校正方法…