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R语言多批次质控可视化与统计分析

共计 30 章节
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01
批次效应概念
什么是批次效应 · 批次效应的来源与影响
批次效应概念什么是批次效应
02
质量控制基础
RNA-seq数据质量指标 · 缺失值处理与过滤策略
质量控制基础RNA-seq
03
R语言环境准备
安装Bioconductor包 · 加载常用质检工具
R语言环境准备Bioconductor
04
数据导入与探索
读取表达矩阵 · 样本元数据 · 基本统计量计算
数据导入探索
05
箱线图QC
用箱线图展示样本表达分布 · 识别异常样本
QC箱线图
06
密度图QC
利用密度图观察表达值分布偏移
QC密度图
07
相关性热图
样本间Pearson/Spearma…
相关性热图Pearson/Spea…
08
PCA原理与批次检测
PCA降维理念 · 如何用PCA发现批次
PCA原理
09
实战
用ggplot2绘制PCA散点图 · 按批次着色
ggplot2PCA
10
碎石图
解释主成分方差贡献率 · 选择PC数目
碎石图解释主成分方差贡…
11
PCA Ellipse图
添加置信椭圆增强可视化
PCAEllipse
12
t-SNE可视化
t-SNE降维与批次效应展示
t-SNE可视化
13
UMAP可视化
UMAP原理 · 参数调优 · 与PCA对比
UMAP可视化
14
距离热图
样本间欧氏距离或曼哈顿距离热图
距离热图样本间欧氏距离或…
15
层次聚类树图
结合批次信息展示聚类结果
层次聚类树图结合批次信息展示…
16
批次效应量化
R包`sva`的`num.sv`估计…
批次效应量化sva
17
批次效应量化
ComBat原理与修正前/后效果对比
批次效应量化ComBat
18
修正前/后PCA对比
用patchwork拼接图形
PCA修正前
19
修正前/后箱线图对比
观察分布一致性改善
修正前后箱线图对比
20
批次校正工具
removeBatchEffect`…
批次校正工具removeBatchE…
21
RUVseq方法
利用负控制基因评估并移除批次
RUVseq利用负控制基因评…
22
批次与生物学因素混淆
分层抽样验证 · 可视化混淆矩阵
批次生物学因素混淆
23
质控报告自动化
用`rmarkdown`生成动态QC…
质控报告自动化rmarkdown
24
交互式QC
使用`plotly`生成3D-PCA…
QC交互式
25
批量处理多批次
循环生成各批次PCA图并汇总
批量处理多批次PCA
26
颜色主题与可读性
自定义调色板 · ggplot2主题美化
颜色主题可读性
27
实战案例一
公共数据库（GEO）数据批次检测
实战案例一GEO
28
实战案例二
单细胞数据批次整合与可视化
实战案例二单细胞数据批次整…
29
实战案例三
代谢组学数据批次效应排查
实战案例三代谢组学数据批次…
30
总结与最佳实践
QC流程检查清单 · 常见坑点与资源推荐
最佳实践QC