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发育生物学空间分析实战案例

共计 30 章节
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01
课程导论
发育生物学空间分析的背景 · 意义与应用场景
课程导论发育生物学空间分…
02
空间转录组技术原理
10x Visium · Slide-seq · MERFISH等平台简介
空间转录组技术原…Visium
03
实验设计与样本采集
发育组织样本的获取 · 固定 · 切片与保存
实验设计样本采集
04
数据预处理
原始测序数据质量控制 · 比对与基因表达矩阵生成
数据预处理原始测序数据质量…
05
空间数据格式与读取
理解.h5ad · Seurat对象 · SpatialExperiment等…
空间数据格式读取
06
空间降维与可视化
PCA · t-SNE · UMAP在空间数据中的应用
空间降维可视化
07
空间聚类分析
基于空间信息的聚类方法（BayesS… · SpaGCN等）
空间聚类分析BayesS
08
细胞类型注释
利用单细胞参考数据集进行空间细胞类型…
细胞类型注释利用单细胞参考数…
09
空间变量基因检测
识别空间特异性表达基因（Spatia… · Trendsceek）
空间变量基因检测Spatia
10
基因表达空间可视化
使用Squidpy · scanpy进行空间特征图绘制
基因表达空间可视…Squidpy
11
空间自相关分析
Moran's I · Geary's C等统计量评估空间模…
空间自相关分析Moran
12
细胞邻域分析
构建空间邻近图 · 识别细胞-细胞相互作用
细胞邻域分析构建空间邻近图
13
空间配体-受体互作分析
CellChat · NicheNet的空间版本
空间配体受体互作分析
14
发育轨迹的空间映射
结合Monocle · Slingshot与空间信息推断发育…
发育轨迹的空间映…Monocle
15
空间共定位分析
双基因共表达的空间共定位显著性检验
空间共定位分析双基因共表达的空…
16
空间区域识别
基于转录组相似性划分解剖区域或发育区…
空间区域识别基于转录组相似性…
17
差异空间表达分析
比较不同发育阶段或不同空间区域的基因…
差异空间表达分析比较不同发育阶段…
18
空间代谢组与蛋白质组整合
多模态空间数据分析入门
空间代谢组蛋白质组整合
19
基于深度学习的空间插值
使用DeepST · GNN等方法预测未检测位置表达
基于深度学习的空…DeepST
20
空间转录组与组织学图像融合
H&E染色与空间基因表达的对齐与联合…
空间转录组组织学图像融合
21
发育事件的空间时序分析
利用RNA速率（RNA veloci…
发育事件的空间时…RNA
22
细胞迁移与谱系追踪的空间推断
通过数据模拟细胞在组织中的移动
细胞迁移谱系追踪的空间推…
23
空间基因调控网络推断
构建空间特异的转录调控网络
空间基因调控网络…构建空间特异的转…
24
多切片空间协调分析
对齐不同切片 · 不同样本的空间数据
多切片空间协调分…对齐不同切片
25
空间数据的批次校正
Harmony · scVI在空间上下文中的使用
空间数据的批次校…Harmony
26
大规模空间数据的高效处理
内存管理 · 并行计算与GPU加速
大规模空间数据的…内存管理
27
空间分析结果的生物学验证
原位杂交 · 免疫荧光等实验验证策略
空间分析结果的生…原位杂交
28
案例实战1
小鼠胚胎发育早期脑组织的空间转录组分…
案例实战1小鼠胚胎发育早期…
29
案例实战2
斑马鱼胚胎不同发育阶段全身空间图谱构…
案例实战2斑马鱼胚胎不同发…
30
案例实战3
人类早期心脏发育区域的特异基因发现与…
案例实战3人类早期心脏发育…