VIP20
本课程属于：019-单细胞空间整合分析 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

CellTrek细胞空间定位与批次校正

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
CellTrek概述
单细胞空间定位背景与CellTrek…
CellTrek单细胞空间定位背…
02
环境搭建
R/Python依赖安装 · conda环境配置与测试
环境搭建R/Python
03
单细胞RNA-seq数据准备
格式要求 · Seurat对象创建
RNA-seq单细胞
04
空间转录组数据准备
10x Visium数据导入与空间坐…
空间转录组数据准…Visium
05
数据质量控制
过滤低质量细胞与基因
数据质量控制过滤低质量细胞
06
数据标准化
SCTransform · LogNormalize等方法
数据标准化SCTransform
07
批次效应校正
Harmony · CCA等集成策略
批次效应校正Harmony
08
参考细胞聚类与标注
基于scRNA-seq的细胞类型注释
参考细胞聚类标注
09
CellTrek核心参数
knn · resolution · threads等解析
CellTrek核心参数
10
运行CellTrek
基础命令与输出文件解读
CellTrek运行
11
结果可视化
ggplot2绘制细胞空间映射散点图
结果可视化ggplot2
12
模型评估
混淆矩阵 · 空间一致性指标
模型评估混淆矩阵
13
参数调优
网格搜索与交叉验证技巧
参数调优网格搜索
14
多切片联合分析
合并不同空间切片数据
多切片联合分析合并不同空间切片…
15
多模态整合
结合H&E图像与形态学特征
多模态整合结合H&E图像
16
与Seurat联合使用
提取CellTrek结果进行下游分析
Seurat联合使用
17
实战案例一
小鼠大脑皮层区域精细映射
实战案例一小鼠大脑皮层区域…
18
实战案例二
肿瘤微环境免疫细胞空间分布
实战案例二肿瘤微环境免疫细…
19
实战案例三
胚胎发育组织空间图谱构建
实战案例三胚胎发育组织空间…
20
结果验证方法
免疫荧光/RNAscope对比
结果验证方法RNAscope
21
自动化批处理
Shell脚本与R脚本封装
自动化批处理Shell
22
高性能计算
SLURM作业提交与内存优化
高性能计算SLURM
23
常见错误排查
内存溢出 · 报错信息解读
常见错误排查内存溢出
24
结果导出
CSV坐标 · GeoJSON · PDF/PNG图像
结果导出CSV
25
交互式探索
Shiny应用搭建细胞空间浏览器
交互式探索Shiny
26
与其他方法比较
SpatialDWLS · RCTD优劣对比
其他方法比较SpatialDWLS
27
进阶分析
空间差异表达基因鉴定
进阶分析空间差异表达基因…
28
进阶分析
细胞群落空间分布统计与热图
进阶分析细胞群落空间分布…
29
进阶分析
结合CellChat进行空间细胞通讯…
进阶分析CellChat
30
课程总结
最佳实践 · 常见误区与未来展望
课程总结最佳实践