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10x Visium数据分析从入门到精通

共计 30 章节
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01
空间转录组学简介
发展历史与应用场景
空间转录组学简介发展历史
02
10x Visium平台原理
从组织切片到测序文库构建
Visium10x
03
实验设计
组织选择 · 切片厚度 · 透化时间等关键参数
实验设计组织选择
04
数据获取
Space Ranger软件安装与运…
数据获取Space
05
Space Ranger流程
fastq到基因表达矩阵的生成
SpaceRanger
06
输出文件解读
barcodes · features · matrix.mtx
输出文件解读barcodes
07
空间转录组数据导入Seurat
创建Seurat对象
Seurat空间转录组数据导…
08
Seurat对象结构
assay · image · 坐标信息等
Seurat对象结构
09
质量控制
基因数 · UMI数 · 线粒体比例等筛选
质量控制基因数
10
数据标准化与归一化
SCTransform或Normal…
数据标准化归一化
11
降维与聚类
PCA · UMAP · 聚类分析
降维聚类
12
空间特征可视化
FeaturePlot · SpatialFeaturePlot
空间特征可视化FeaturePlot
13
空间亚群识别
结合组织形态学与基因表达
空间亚群识别结合组织形态学
14
差异表达分析
FindAllMarkers与Fin…
差异表达分析FindAllMarke…
15
功能富集分析
GO · KEGG · GSEA
功能富集分析GO
16
空间图谱绘制
使用ggplot2或Seurat内置…
空间图谱绘制ggplot2
17
空间变量基因
寻找空间表达模式（SpatialDE · SPARK等）
空间变量基因SpatialDE
18
与单细胞数据整合
将Visium数据与scRNA-se…
单细胞数据整合Visium
19
去卷积分析
推断spot内细胞类型组成（CARD · RCTD等）
去卷积分析spot
20
细胞邻域分析
细胞间相互作用与空间组织结构
细胞邻域分析细胞间相互作用
21
空间轨迹推断
RNA velocity在空间上的应…
空间轨迹推断RNA
22
多层切片联合分析
多个Visium切片合并分析
多层切片联合分析Visium
23
空间转录组与病理学结合
肿瘤微环境分析
空间转录组病理学结合
24
自建分析流程
用Python（Scanpy）分析V…
自建分析流程Python
25
Python分析流程
Scanpy导入与预处理
Python分析流程
26
Python分析
聚类 · 标记基因 · 空间可视化
Python分析
27
空间自动荧光校正
处理组织自发荧光
空间自动荧光校正处理组织自发荧光
28
高级可视化
使用Giotto/STUtility…
高级可视化Giotto/STUti…
29
常见问题排查
低质量数据 · 批次效应 · 样本比对
常见问题排查低质量数据
30
项目实战
从数据下载到完整分析报告
项目实战从数据下载到完整…