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Nextflow构建药物靶点流水线教程

共计 30 章节
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01
Nextflow简介与安装
发展历史 · 核心设计理念 · 安装与配置环境变量
Nextflow简介
02
DSL1基础语法
进程 · 流程 · 参数
DSL1基础语法
03
通道（channel）与数据流
通道类型 · from · map
channel通道
04
进程（process）与executor
进程定义 · 输入输出声明 · executor选择
processexecutor
05
配置文件与参数
nextflow.config文件 · 参数覆盖 · 配置文件分层
配置文件参数
06
工作流定义与运行
流程组合 · 条件分支 · 并行与顺序执行
工作流定义运行
07
容器技术（Docker/Singularity）
容器化进程 · 镜像拉取与缓存
Docker/Singu…容器技术
08
依赖管理（conda环境）
conda环境定义 · 跨平台兼容性
conda依赖管理
09
模块化设计（DSL2）
模块定义 · 组件的导入与复用
DSL2模块化设计
10
模块仓库与nf-core
nf-core框架介绍 · 模板生成与最佳实践
nf-core模块仓库
11
药物靶点分析流程概述
典型流程框架（从原始数据到候选靶点）
药物靶点分析流程…典型流程框架
12
数据预处理
质量控制（FastQC）与修剪（Tr…
数据预处理FastQC
13
序列比对（如Hisat2/STAR）
比对参数与索引构建
Hisat2/STAR序列比对
14
表达定量（如Salmon/kallisto）
转录本定量与count矩阵生成
Salmon/kalli…表达定量
15
差异基因表达分析（DESeq2/edgeR）
设计矩阵 · 多重检验校正
DESeq2/edgeR差异基因表达分析
16
通路富集分析（GSEA/KEGG）
富集算法 · 结果解释
GSEA/KEGG通路富集分析
17
蛋白质-靶点相互作用网络构建
数据库简介（STRING/EBI I…
蛋白质靶点相互作用网络…
18
药物-靶点关联分析（DrugBank/STITCH）
关联规则与打分
DrugBank/STI…药物
19
分子对接模拟（AutoDock Vina）
对接脚本嵌入进程与结果整理
AutoDockVina
20
结果可视化（MultiQC、RMarkdown）
多项目报告生成与定制
MultiQCRMarkdown
21
资源管理（CPU/内存/时间）
资源标签 · 资源池 · 动态分配
CPU资源管理
22
错误处理与重试机制
失败策略 · 错误捕获 · resume模式
错误处理重试机制
23
工作流参数化与复用
参数文件 · 参数校验（schema）
工作流参数化复用
24
缓存与中间结果管理
缓存机制 · 强制重新计算 · cacheDir
缓存间结果管理
25
日志收集与调试
.nextflow.log · 调试模式（-dump-channel…
日志收集调试
26
集群部署（SLURM/SGE）
队列配置 · 提交命令适配
SLURM/SGE集群部署
27
云平台执行（AWS Batch / Google Life Sciences）
批量配置与成本控制
AWSBatch
28
持续集成与测试
单元测试（nftest） · GitHub Actions CI
持续集成测试
29
性能调优与最佳实践
内存优化 · I/O并行 · 进程合并
性能调优最佳实践
30
实战
构建完整的药物靶点发现流水线——从原…
构建完整的药物靶…从原…