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本课程属于：018-药物靶点知识图谱 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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BioBERT药物靶点关系抽取与分类

共计 30 章节
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01
课程导论
药物靶点关系与文献挖掘的价值
课程导论药物靶点关系
02
PubMed数据库详解
结构 · 检索语法与API
PubMed数据库详解
03
文献获取实战
使用Entrez API批量下载摘要
文献获取实战Entrez
04
数据解析
XML与JSON格式的处理技巧
数据解析XML
05
Python基础回顾
字符串 · 列表 · 字典与文件操作
Python基础回顾
06
正则表达式入门
药物名与基因名的模式匹配
正则表达式入门药物名
07
命名实体识别（NER）概念与常用工具
命名实体识别（NER）概念与常用工具 · 核心概念 · 实践要点
NER命名实体识别
08
基于词典的实体标注
DrugBank · UniProt的使用
基于词典的实体标…DrugBank
09
规则驱动的实体提取
从文献中抓取药物和靶点
规则驱动的实体提…从文献
10
共现分析
统计药物与靶点在同一句中的出现频率
共现分析统计药物
11
关系抽取基础
从共现到语义关系
关系抽取基础从共现到语义关系
12
模式匹配方法
手工编写关系抽取规则
模式匹配方法手工编写关系抽取…
13
特征工程
为机器学习准备上下文特征
特征工程为机器学习准备上…
14
传统机器学习
使用scikit-learn训练关系…
传统机器学习scikit-learn
15
深度学习入门
序列模型与预训练词向量
深度学习入门序列模型
16
生物医学预训练模型
BioBERT · PubMedBERT介绍
生物医学预训练模…BioBERT
17
微调BioBERT用于药物-靶点关系分类
微调BioBERT用于药物-靶点关系分类 · 核心概念 · 实践要点
BioBERT微调
18
数据标注实践
如何构建高质量训练集
数据标注实践如何构建高质量训…
19
模型评估
准确率 · 召回率 · F1与交叉验证
模型评估准确率
20
知识库增强
利用已有数据库过滤和验证结果
知识库增强利用已有数据库过…
21
大规模处理
多线程与异步下载文献
大规模处理多线程
22
关系网络可视化
使用NetworkX绘制药物-靶点图
关系网络可视化NetworkX
23
知识图谱构建
将提取的关系存入Neo4j
知识图谱构建Neo4j
24
端到端流水线
搭建完整的文献挖掘系统
端到端流水线搭建完整的文献挖…
25
案例实战1
针对癌症药物的靶点发现
案例实战1针对癌症药物的靶…
26
案例实战2
新冠病毒药物靶点文献挖掘
案例实战2新冠病毒药物靶点…
27
结果存储与交互
构建简单的Web查询接口
结果存储交互
28
性能调优
减少假阳性与提升提取速度
性能调优减少假阳性
29
可重复性
代码版本管理 · 实验记录与Docker化
可重复性代码版本管理
30
课程总结与前沿展望
多模态融合 · 因果推理等
课程总结前沿展望