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Nextflow参数配置与工作流测试管理

共计 30 章节

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Nextflow发展历史 · 核心理念 · 与Snakemake/CWL的对比

Java/Groovy依赖 · Nextflow安装（手动/Cond… · 版本管理

环境搭建Java/Groovy

DSL1与DSL2的区别 · DSL2模块化设计 · modules结构

编写第一个流程

process定义 · 输入输出声明 · 脚本块

编写第一个流程process

channel的类型（value/q… · channel工厂方法 · fromPath

通道基础channel

通道操作符

map · filter · flatMap

通道操作符map

参数配置方式

params作用域 · 配置文件nextflow.confi… · 从命令行传入

参数配置方式params

配置文件结构

config文件层次 · 环境特定配置（profiles） · includeConfig

配置文件结构config

进程定义详解

process作用域 · 标签(label) · 容器(container)

进程定义详解process

输入输出模式

标准输入输出 · 文件输入输出 · 动态输入

输入输出模式标准输入输出

目录与文件管理

publishDir · stageInMode · stageOutMode

目录文件管理

条件与分支

when条件 · if/else在workflow内 · branch操作符实现多分支路由

循环与迭代

对输入通道进行循环 · each参数 · 进程内for循环

错误处理与重试

errorStrategy（retr… · maxRetries · 动态错误策略

错误处理重试

资源管理与调度

executor类型（local/s… · 队列 · 资源组

资源管理调度

Docker与Singularity… · 在nextflow.config中指… · 多容器混合

容器集成Docker

模块化与复用

模块定义（main.nf + 模块文… · include过程 · 参数化模块

模块化复用

工作流(workflow)管理

workflow块 · 多workflow组合 · 子workflow

workflow工作流

进程间依赖

输入通道自动构建DAG · 显式声明依赖 · after参数

进程间依赖DAG

元数据与标注

metadata概念 · label作用 · annotation

元数据标注

动态资源分配

基于输入文件大小动态调整内存/CPU · memory表达式 · 参数化资源

动态资源分配CPU

日志与调试

nextflow.log解读 · -with-report/-with… · Dry run

云与集群执行

AWS Batch配置 · Google Life Scienc… · Azure Batch

集群执行AWS

Git与仓库管理

使用GitHub/Bitbucket… · manifest文件 · 版本标签

Git仓库管理

测试与验证

安装nf-test · 编写单元测试 · mock输入

最佳实践（一）

命名规范 · 文件组织结构 · 配置文件分离

最佳实践命名规范

最佳实践（二）

缓存与中间结果 · checkpoint · 恢复运行(-resume)

最佳实践缓存

并行策略 · 分批处理 · 资源利用率监控

性能优化并行策略

实际案例（一）

RNA-seq差异表达分析流程——从…

实际案例RNA-seq

实际案例（二）

变异检测管线——从BAM到VCF · 参数配置与资源调优实战

实际案例BAM