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药物靶点知识图谱与VCF变异关联分析

共计 30 章节
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01
课程导论
药物靶点知识图谱与VCF关联分析的价…
课程导论VCF
02
VCF格式详解
VCF文件结构 · 元信息头 · 样本列
VCF格式详解
03
知识图谱基础
实体 · 关系 · 属性
知识图谱基础实体
04
常用VCF注释工具
ANNOVAR · SnpEff · VEP的安装与使用
VCF常用
05
药物靶点数据库概览
DrugBank · TTD · PharmGKB
药物靶点数据库概…DrugBank
06
VCF变异与药物靶点的关联逻辑
从变异位点到基因 · 基因到药物靶点的映射路径
VCF变异
07
构建药物靶点知识图谱第一步
数据收集与清洗（VCF · 药物靶点 · 基因关系数据）
构建药物靶点知识…VCF
08
图谱存储技术选型
Neo4j vs ArangoDB… · 图数据库基本安装与配置
图谱存储技术选型Neo4j
09
数据建模
定义节点类型（变异 · 基因 · 药物
数据建模定义节点类型
10
使用Python解析VCF
PyVCF库 · 读取INFO字段 · 提取位点基因注释
PythonVCF
11
从VCF提取基因列表
利用VEP/SNPEff输出提取受影… · 基因ID标准化（HGNC/Entre…
VCF提取基因列表
12
药物靶点关系映射
将基因映射到DrugBank中的靶点 · 使用API（DrugBank SPA…
药物靶点关系映射DrugBank
13
知识图谱构建实战（上）
编写Python脚本批量创建节点和关… · 使用py2neo与Neo4j交互
知识图谱构建实战Python
14
知识图谱构建实战（下）
处理多对多关系 · 属性索引 · 唯一性约束
知识图谱构建实战处理多对多关系
15
变异-药物关联查询
通过Cypher查找给定变异对应的所… · 使用参数化查询
变异药物关联查询
16
路径分析
查询从变异到药物的完整作用路径（变异… · 最短路径算法
路径分析查询从变异到药物…
17
评分与排序
基于临床显著性（ClinVar） · 药物有效性证据等级对关联进行评分
评分排序
18
可视化知识图谱
使用Neo4j Browser · Cytoscape.js或D3.js…
可视化知识图谱Neo4j
19
构建变异-药物推荐系统
输入患者VCF · 输出可能有效的药物列表 · 规则引擎设计
构建变异药物推荐系统
20
整合多组学数据（可选）
将基因表达 · 蛋白互作数据融入知识图谱 · 增强关联可靠性
整合多组学数据可选
21
性能优化
图查询索引设计 · 批量导入工具（neo4j-admin…
性能优化图查询索引设计
22
VCF关联分析常见陷阱
假阳性变异 · 错误基因映射 · 靶点数据库版本不一致的问题
VCF关联分析常见陷阱
23
案例实战1
肺癌VCF分析——寻找EGFR/AL…
案例实战1VCF
24
案例实战2
乳腺癌BRCA1/2变异关联的同源重…
案例实战2BRCA1/2
25
案例实战3
罕见病诊断——从罕见变异到药物重定位…
案例实战3罕见病诊断
26
自动化流水线搭建
使用Snakemake或Nextfl… · 图谱构建 · 关联查询
自动化流水线搭建Snakemake
27
容器化部署
Docker打包Neo4j+Pyth… · 一键启动知识图谱环境
容器化部署Docker
28
图谱更新与维护
如何定期从新VCF · 新药物数据库更新节点和关系 · 增量更新策略
图谱更新维护
29
安全与伦理
患者基因数据脱敏 · 合规使用公开数据库 · 隐私保护注意事项
安全伦理
30
课程总结与展望
药物靶点知识图谱在精准医学中的未来 · 联邦学习与隐私计算趋势
课程总结药物靶点知识图谱