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WDL任务依赖编排与并行资源调度

共计 30 章节

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了解WDL历史 · 应用场景 · 基本概念

安装Cromwell · MiniWDL以及配置运行环境

环境搭建Cromwell

变量的声明 · 类型（Int · Float

语法基础变量的声明

task结构 · 运行时参数 · 输入输出声明

任务定义task

command块语法 · shell命令内嵌 · 参数引用

命令编写command

input与output的详细用法 · 文件映射

输入输出input

运行时配置

runtime块 · 容器 · 内存

运行时配置runtime

工作流定义

workflow的创建 · 任务调用顺序

工作流定义workflow

call语句 · 依赖表达式的语法与作用

任务依赖call

并行执行概念

理解WDL中的并行策略 · 默认串行

并行执行概念WDL

数组分发 · 并行处理多个输入

合并多个并行任务的输出结果

if-else分支在workflow…

条件判断if-else

on_fail · retry策略 · 异常捕获

元数据与标签

为任务和工作流添加元数据信息

元数据标签

路径处理 · 中间文件命名 · 临时文件

文件操作路径处理

参数化工作流

使用输入变量动态生成工作流

参数化工作流使用输入变量动态…

数组与循环

Array类型 · scatter与for循环的区别

嵌套工作流

在一个workflow中调用另一个w…

嵌套工作流workflow

import工作流 · 定义可复用的task库

任务复用import

理解WDL的中间结果缓存 · 失效策略

缓存机制WDL

执行引擎对比

Cromwell vs MiniWD…

执行引擎对比Cromwell

如何合理分配CPU · 内存 · 避免资源浪费

资源管理CPU

日志与调试

查看执行日志 · 调试任务失败

减少依赖 · 减少文件传输 · 使用容器

性能优化减少依赖

实战案例一

简单BWA比对工作流（串行依赖）

实战案例一BWA

实战案例二

批量快速质检（并行scatter）

实战案例二scatter

实战案例三

依赖链中的错误恢复与重试

实战案例三依赖链

路径错误 · 类型不匹配 · 依赖死锁

常见问题路径错误

命名规范 · 版本控制 · 测试工作流

最佳实践命名规范