任务定义：task 结构、运行时参数、输入输出声明

好，咱们开始深入 WDL 的核心——task。说白了，WDL 里的每个工作单元就是一个 task。你可以把它理解成一个“脚本任务盒子”：你把输入放进去，告诉它用什么工具跑、配多少资源，它执行完再把输出还给你。

我个人习惯把 task 分成三个部分来看：声明（input/output）、执行体（command）和运行时（runtime）。三者缺一不可，但很多新手最容易在输入输出和运行时上踩坑。咱们一个一个拆解。

task 结构的基本骨架

先看一个最简单的 task 定义：

task hello_world {
    input {
        String name
    }

    command {
        echo "Hello, ~{name}!"
    }

    output {
        String greeting = read_string("stdout")
    }

    runtime {
        docker: "ubuntu:latest"
        memory: "1 GB"
        cpu: 1
    }
}

这里面的每个块都是必须的吗？其实只有 command 是必须的。但我建议你把 input、output、runtime 都写上，哪怕是空的。为什么呢？
嗯，因为你想想看，没有显式声明输入输出，别人读你的代码就像看天书，而且后续做任务依赖时也会出问题。

输入输出声明：类型与表达式

WDL 的输入输出支持多种基本类型：String、Int、Float、Boolean，还有文件类型 File 和数组 Array[Type]。我以前遇到过一哥们，把所有输入都写成 String，然后自己在 command 里做类型转换……结果可读性极差，还容易出错。

输入输出的关键点：

• 输入变量可以在 command 里通过 ~{var_name} 引用
• 输出必须是从执行结果中“捕获”出来的，常见方式有 read_string()、read_int()、glob() 等
• 输出文件类型要和生成的文件路径对应准确

看一个文件处理的例子：

task process_bam {
    input {
        File bam_file
        String sample_id
        Int min_qual = 20
    }

    command {
        samtools view -h -q ~{min_qual} ~{bam_file} \
            -o ~{sample_id}.filtered.bam
    }

    output {
        File filtered_bam = "~{sample_id}.filtered.bam"
        Int read_count = read_int("read_count.txt")
    }
}

运行时参数：资源控制的核心

运行时参数 (runtime) 是你的 task 向执行引擎“申请资源”的地方。这直接决定了任务能不能跑、跑多快、花多少钱。我刚开始用 WDL 时，经常忘记设内存，结果任务被默认的 1GB 内存活活卡死。

常见运行时参数一览：

command 块：执行体的写法

command 块里写入的就是你在 shell 里会敲的命令。WDL 允许你使用 ~{} 嵌入输入变量。这里有个小技巧：如果命令比较长，可以写成多行，WDL 会自动把换行处理成空格。

command {
    python3 <

task fastqc_analysis {
    input {
        File fastq_file
        String sample_id
        Int threads = 2
    }

    command {
        mkdir -p ~{sample_id}_fastqc
        fastqc -t ~{threads} -o ~{sample_id}_fastqc ~{fastq_file}
    }

    output {
        File html_report = "~{sample_id}_fastqc/~{sample_id}_fastqc.html"
        File zip_file = "~{sample_id}_fastqc/~{sample_id}_fastqc.zip"
    }

    runtime {
        docker: "biocontainers/fastqc:v0.11.9_cv8"
        memory: "2 GB"
        cpu: 2
        maxRetries: 1
    }

    parameter_meta {
        fastq_file: "原始 FASTQ 文件，支持 .gz 压缩"
        sample_id: "样本标识，用于输出文件命名"
        threads: "线程数，默认 2"
        html_report: "FastQC 的 HTML 质量报告"
        zip_file: "FastQC 的压缩结果包"
    }
}