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本课程属于：016-Cromwell WDL云端工作流 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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Cromwell与Conda环境集成方法

共计 30 章节
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01
Cromwell简介
了解Cromwell工作流引擎及其在…
Cromwell简介
02
Conda简介
Conda包管理器和环境管理的基础概…
Conda简介
03
安装Cromwell
下载和配置Cromwell运行环境
Cromwell安装
04
安装Conda
Miniconda/Anaconda…
Conda安装
05
创建Conda环境
使用conda create创建独立…
Conda创建
06
管理Conda环境
激活 · 删除 · 克隆
Conda管理
07
安装软件包
使用conda install和pi…
安装软件包conda
08
Cromwell工作流基础
编写第一个WDL工作流
Cromwell工作流基础
09
任务定义
在WDL中定义任务的输入输出
任务定义WDL
10
工作流调用
工作流中任务的顺序与并行执行
工作流调用工作流
11
Cromwell配置
配置文件详解（cromwell.co…
Cromwell配置
12
后端配置
配置本地 · HPC · 云等后端
后端配置配置本地
13
输入输出管理
文件 · 路径 · 数据类型处理
输入输出管理文件
14
使用Docker镜像
在Cromwell任务中使用Dock…
Docker使用
15
Conda与Docker对比
两种环境隔离方式的优劣
CondaDocker
16
在Cromwell任务中使用Conda环境
方法一：使用conda run命令
CromwellConda
17
在Cromwell任务中使用Conda环境
方法二
CromwellConda
18
在Cromwell任务中使用Conda环境
方法三
CromwellConda
19
最佳实践
为每个任务创建独立Conda环境
最佳实践Conda
20
环境缓存
避免重复安装 · 使用预打包环境
环境缓存避免重复安装
21
集成Conda与Cromwell的配置示例
完整工作流案例
CondaCromwell
22
错误排查
常见Conda环境问题及解决
错误排查Conda
23
版本管理
使用conda指定软件版本 · 保证可重复性
版本管理conda
24
多平台支持
在不同操作系统上使用Conda
多平台支持Conda
25
性能优化
减少环境创建时间 · 使用mamba加速
性能优化减少环境创建时间
26
安全性
Conda源配置与信任问题
安全性Conda
27
自动化
使用Makefile或脚本批量管理环…
自动化Makefile
28
与Git集成
版本控制环境配置文件
Git集成
29
高级技巧
使用Conda环境变量 · 自定义通道
高级技巧Conda
30
总结与项目实战
综合运用Cromwell+Conda…
项目实战Cromwell+Con…