📚 课程目录第4章安装Conda

安装 Conda：Miniconda / Anaconda 的安装与基本配置

先问个问题：Miniconda 和 Anaconda，到底该装哪个？

说实话，我早年入坑时直接装了 Anaconda，图省事。但在服务器上，Anaconda 那一堆预装包基本用不上，白白占空间。后来切到 Miniconda，清爽很多。你如果只是跑 Cromwell + Conda 环境，Miniconda 足够了。

两种发行版，选对不选贵

特性	Miniconda	Anaconda
体积	~500 MB	~3 GB
预装包	仅 conda + Python + 依赖	150+ 常用数据科学包
适用场景	服务器、自动化、定制环境	本地学习、快速原型
管理灵活性	极佳（按需安装）	一般

个人建议：

生产环境、CI/CD、Docker 镜像 → Miniconda
自己写 demo、教学生 → Anaconda 也没问题

  你在 Cromwell 中通过 Conda 创建运行时环境，每个 task 实际启动一个干净环境。所以 Miniconda 更合适——体积小、按需装、搬移方便。

平台安装：Linux / macOS / Windows

我记着第一次给公司服务器装 Miniconda 时，还手动配了 proxy。当时踩了个坑，后面我会提到。咱们先看最干净的安装命令。

Linux / macOS（命令行安装）

# 下载安装脚本（以 Miniconda3 Linux x86_64 为例）
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

# 运行安装（建议不要 sudo）
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装过程会问你是否同意许可、安装路径。我一般直接回车用默认 ~/miniconda3。最后一步会问要不要初始化 conda，选 yes 让它自动写 .bashrc。

macOS 用户注意：如果下载的是 .pkg 图形安装包，双击安装即可，结尾同样有初始化选项。不过我更推荐命令行方式，干净可控。

Windows 安装

Windows 上有两种方式：

图形安装器（推荐新手）
通过 PowerShell + winget（老手）

# 使用 winget（Windows 10 1709+ 自带包管理器）
winget install Miniconda3

图形安装器一路 Next，注意勾选 Add Miniconda3 to my PATH environment variable。我以前没勾，结果打开命令行敲 conda 找不到，又重新配环境变量，烦.

安装路径避免包含中文或空格，否则后续某些工具（包括 Cromwell 的 Conda 后端）可能会炸。我见过同事因为路径里有“用户”两个字，折腾半天。

基本配置：初始化与环境变量

安装完第一件事：让 shell 认得 conda 命令。

# 如果安装时选了“yes”，这条实际上已执行过
conda init

# 手动重载配置
source ~/.bashrc

# 验证
conda --version

你会看到类似 conda 24.1.0 的输出。嗯，这就成了。

配置 channels（软件源）

Conda 默认从官方源下载包，但国内速度慢。我一般加两个国内镜像：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes

建议把渠道优先级调成：先找 conda-forge，再找主渠道。很多 bioinfo 工具只在 conda-forge 有。

conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority flexible

设置代理（如果需要）

我在内网环境吃过亏。千万注意，conda 默认不读系统代理变量，得手动指定：

conda config --set proxy_servers.http http://your-proxy:8080
conda config --set proxy_servers.https http://your-proxy:8080

如果你用环境变量，也可以写进 .bashrc：

export HTTP_PROXY=http://your-proxy:8080
export HTTPS_PROXY=http://your-proxy:8080

  曾经有次我忘了配 proxy，Cromwell 在集群上跑 task 时，conda create 一直在超时重试。后来发现是 worker 节点没走代理。记住：Cromwell 的 Conda 后端也是通过 conda 命令安装包，代理必须全路径打通。

验证安装与常用命令速览

装好了，咱们跑几个命令确认下：

# 查看 conda 版本
conda --version

# 查看已安装的包
conda list

# 创建测试环境
conda create -n test_env python=3.9

# 激活环境
conda activate test_env

# 退出环境
conda deactivate

# 删除环境
conda env remove -n test_env

如果你看到 conda: command not found，八成是 shell 初始化没生效。检查 .bashrc 末尾有没有：

__conda_setup="$('/home/yourname/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/home/yourname/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/home/yourname/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/home/yourname/miniconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup

没有的话手动贴进去，source ~/.bashrc 即可。

知识体系：安装与配置全流程图

避坑指南：我遇到过的配置陷阱

PATH 被覆盖：conda init 会自动调整 PATH 顺序。如果你自己又在 .bashrc 里写了 export PATH=...:$PATH，可能把 conda 排到后面。我一般在 conda 的初始化块之后再追加其他路径。
cache 占用过大：conda 会把下载的 .tar.bz2 包缓存到 pkgs 目录，用久了能到几个 GB。定期跑 conda clean --all 清理。
Python 版本冲突：base 环境不要动。创建新环境时指定 Python 版本，避免 base 污染。
conda init 对 zsh 的影响：我切到 zsh 后忘了重跑 conda init zsh，导致终端打开慢。后来发现是 conda 初始化脚本重复了。记得只用一次。

建议安装完立刻跑 conda update conda 升级到最新版。新版 conda 在依赖解析和速度上提升明显，特别是 23.10 之后的 mamba 兼容体验。

基础夯实了，后面就可以用 conda 创建 Cromwell 需要的运行时环境了。记住：Conda 是你的软件包工厂，Cromwell 是调度平台。工厂运转正常，调度才能流畅。