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VMD分子动力学轨迹交互可视化

共计 30 章节

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VMD简介与安装

VMD的历史 · 应用领域 · Windows/Linux/macO…

VMD界面概览

主窗口 · 控制台 · 图形窗口

VMD界面概览

加载分子结构与轨迹

读取PDB · PSF · DCD

加载分子结构轨迹

分子可视化基础

卡通 · 球棍 · CPK

分子可视化基础卡通

颜色与材质控制

色盘 · 自定义颜色 · 透明度

颜色材质控制

选择命令入门

atomselect语法 · 基于残基名 · 链ID

选择命令入门atomselect

轨迹回放与帧控制

播放 · 暂停 · 跳转帧

轨迹回放帧控制

轨迹平滑与滤波

帧平均 · 高斯滤波 · 降噪技巧

轨迹平滑滤波

距离 · 角度 · 二面角

测量工具距离

图形对象管理

创建 · 修改 · 删除图形对象

图形对象管理创建

标签与标注

添加原子标签 · 残基标签 · 距离标签

多视角与场景管理

复制窗口 · 同步视角 · 保存场景状态

多视角场景管理

渲染图像与动画

输出高质量图片 · 制作轨迹动画（MP4/GIF）

渲染图像动画

Tcl脚本入门

变量 · 列表 · 循环

Tcl脚本入门

VMD脚本命令

mol new · mol addfile · mol modstyle等

VMD脚本命令

批量处理轨迹

自动加载 · 分析 · 导出数据的脚本编写

批量处理轨迹自动加载

自定义绘图

使用measure命令绘制距离 · 角度随时间变化图

自定义绘图measure

轨迹聚类与可视化

基于RMSD聚类并着色显示

轨迹聚类可视化

溶剂水分子显示管理

去除溶剂 · 显示特定水分子壳层

溶剂水分子显示管…去除溶剂

周期性边界处理

开启/关闭PBC · unwrap轨迹

周期性边界处理PBC

自定义着色方案

按残基属性 · 按时间 · 按值着色

自定义着色方案按残基属性

交互式选择与操纵

鼠标模式 · 旋转平移缩放 · 自定义热键

交互式选择操纵

使用Atomsel进行高级分析

溶剂可及表面积 · 氢键分析

与外部程序交互

通过管道与Python · R · MATLAB通信

外部程序交互Python

VMD插件使用

RMSD Trajectory To… · VMD Movie Generato…

VMD插件使用

制作出版级插图

光照 · 景深透视 · 抗锯齿设置

制作出版级插图光照

大规模轨迹处理

内存管理 · 分段加载 · 压缩格式支持

大规模轨迹处理内存管理

VMD与PyMOL对比及协同

转换格式 · 互导场景

故障排除与调试

常见错误 · 日志分析 · 社区资源

故障排除调试

从轨迹加载到动画渲染全流程实战

综合项目从轨迹加载到动画…