VIP20
本课程属于：013-GROMACS轨迹模拟 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

GROMACS轨迹分析Pipeline实践

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
GROMACS入门
什么是分子动力学？GROMACS的安…
GROMACS什么是分子动力学
02
轨迹文件基础
.xtc · .trr · .gro
轨迹文件基础xtc
03
轨迹预处理
自定义topology文件的生成与检…
轨迹预处理topology
04
模拟准备
能量最小化与NVT · NPT平衡的批处理脚本
模拟准备NVT
05
轨迹连接与截取
gmx trjconv 常用命令实战… · 去周期性）
轨迹连接截取
06
结构稳定性分析
RMSD计算与绘图（gmx rms）
结构稳定性分析RMSD
07
涨落与柔性分析
RMSF计算（gmx rmsf）与残…
涨落柔性分析
08
回转半径（Rg）分析
评估蛋白致密性的变化趋势
Rg回转半径
09
氢键分析
gmx hbond统计与动态氢键网络
氢键分析gmx
10
溶剂接触面积（SASA）
gmx sasa计算疏水/亲水表面积
SASA溶剂接触面积
11
主成分分析（PCA）
gmx covar与gmx anae…
PCA主成分分析
12
自由能形貌（FEL）
基于PCA投影构建二维自由能图
FEL自由能形貌
13
二级结构分析
gmx do_dssp基于DSSP的…
二级结构分析gmx
14
螺旋与折叠分析
结合gmx helix与自定义脚本分…
螺旋折叠分析
15
蛋白质-配体相互作用
短程接触 · 氢键 · 疏水相互作用分析
蛋白质配体相互作用
16
配体RMSD与结合模式稳定性分析。
配体RMSD与结合模式稳定性分析 · 核心概念 · 实践要点
RMSD配体
17
距离与角度分析
gmx distance · gmx angle与gmx dipo…
距离角度分析
18
径向分布函数（RDF）
gmx rdf分析溶剂或离子分布
RDF径向分布函数
19
扩散系数计算
基于均方位移（MSD）估算扩散系数（…
扩散系数计算MSD
20
聚类分析
gmx cluster经典算法（GR… · 单链法等）划分构象
聚类分析gmx
21
自由能计算基础
MM/PBSA概述与gmx_MMPB…
自由能计算基础MM/PBSA
22
伞形采样（Umbrella Sampling）
平衡态自由能计算的Pipeline
UmbrellaSampling
23
WHAM分析
结合wham工具重构自由能曲线与能量…
WHAM分析
24
热力学积分（TI）与自由能微扰（FEP）基础概念与工具。
热力学积分（TI）与自由能微扰（FEP）… · 核心概念 · 实践要点
TIFEP
25
自动化Pipeline构建
用Python+os/subproc…
Pipeline自动化
26
结果提取与日志解析
正则表达式从.log文件中抓取能量 · 温度等数据
结果提取日志解析
27
数据可视化
Matplotlib/Seaborn… · RMSF · Rg等）
数据可视化Matplotlib/S…
28
动画与视频生成
使用VMD或Python（MDAna…
动画视频生成
29
高性能计算技巧
并行计算 · GPU加速 · 长轨迹处理的分块策略
高性能计算技巧并行计算
30
完整项目实战
从PDB文件到最终分析报告——一个典…
完整项目实战PDB