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本课程属于：013-GROMACS轨迹模拟 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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GROMACS面试常见问题

共计 30 章节
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01
GROMACS简介
历史 · 应用领域 · 特点
GROMACS简介
02
GROMACS安装
源码编译 · 二进制包 · 模块加载
GROMACS安装
03
GROMACS基础命令
gmx_mpi · 常用工具概览
GROMACS基础命令
04
分子动力学模拟流程
从结构文件到轨迹分析
分子动力学模拟流…从结构文件到轨迹…
05
力场选择
OPLS · CHARMM · AMBER等
力场选择OPLS
06
拓扑文件构建
pdb2gmx命令 · 残基拓扑 · 修饰
拓扑文件构建pdb2gmx
07
溶剂化
盒子类型 · 溶剂分子 · 离子添加（genion）
溶剂化盒子类型
08
能量最小化
最速下降 · 共轭梯度 · 收敛标准
能量最小化最速下降
09
温度耦合
Berendsen · Nosé-Hoover · V-rescale
温度耦合Berendsen
10
压力耦合
Berendsen · Parrinello-Rahman · C-rescale
压力耦合Berendsen
11
周期性边界条件
PBC设置 · 邻域列表 · 截断
周期性边界条件PBC
12
约束算法
LINCS · SETTLE · 用于键长约束
约束算法LINCS
13
长程静电处理
PME（Particle Mesh… · 反应场
长程静电处理PME
14
模拟步长与时间尺度
dt选择 · 稳定性
模拟步长时间尺度
15
轨迹输出
xtc · trr · edr
轨迹输出xtc
16
自由能计算
λ动力学 · 热力学积分 · WHAM
自由能计算λ动力学
17
增强采样
伞形采样 · 副本交换（REMD） · 拉伸动力学
增强采样伞形采样
18
分析工具（1）
rms · rmsf · gyrate
分析工具1
19
分析工具（2）
hbond · distance · angle
分析工具2
20
分子间相互作用
结合自由能MM-PBSA/GBSA
分子间相互作用MM-PBSA/GBSA
21
膜蛋白模拟
脂质双层构建 · 膜嵌入 · 周期性
膜蛋白模拟脂质双层构建
22
配体-蛋白模拟
力场参数化 · 充电 · QM/MM
配体蛋白模拟
23
表现优化
并行计算 · GPU加速 · 混合精度
表现优化并行计算
24
常见错误与解决
步长太大 · LINCS警告 · 电荷不对称
常见错误解决
25
输入文件解析
mdp参数详解（关键参数）
输入文件解析mdp
26
后处理与可视化
VMD · PyMOL · Grace
后处理可视化
27
轨迹分析脚本
gmx_mpi select · gmx_mpi cluser
轨迹分析脚本gmx
28
多组分体系
共溶剂 · 离子浓度 · 多分子模拟
多组分体系共溶剂
29
校验与验证
能量守恒 · 温度稳定 · 结构与实验对比
校验验证
30
高级主题
meta dynamics · transition path sa… · multi-scale
高级主题meta