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GROMACS分子动力学模拟参数配置与分析

共计 30 章节
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01
GROMACS概述与安装
了解GROMACS历史 · 应用领域 · 在Linux/Windows/mac…
GROMACS安装
02
输入文件体系
.top · .itp · .gro
输入文件体系top
03
拓扑文件(.top)核心参数
原子类型 · 键 · 角
top拓扑文件
04
结构文件(.gro/.pdb)
坐标格式 · 盒子向量 · 原子编号规则
gro/.pdb结构文件
05
力场选择与配置
常用力场（CHARMM · AMBER · OPLS
力场选择配置
06
水模型参数配置
SPC · TIP3P · TIP4P
水模型参数配置SPC
07
模拟盒子类型与尺寸
立方体 · 四方体 · 截角八面体的选择
模拟盒子类型尺寸
08
能量最小化参数
最速下降法 · 共轭梯度法的参数设置 · 收敛判据与步长控制
能量最小化参数最速下降法
09
溶剂化与添加抗衡离子
gmx solvate · gmx genion的参数 · 离子浓度和类型调整
溶剂化添加抗衡离子
10
NVT预平衡参数
温度耦合 · 初始速度生成 · Berendsen与v-rescal…
NVT预平衡参数
11
NPT预平衡参数
压力耦合 · 各向同性与半各向异性 · 压敏耦合方案的选择
NPT预平衡参数
12
生产模拟mdp文件精讲
dt · nsteps · nstxout
mdp生产模拟
13
温度耦合方法详解
Berendsen · Nose-Hoover · v-rescale的适用场景与参数调…
温度耦合方法详解Berendsen
14
压力耦合方法详解
Berendsen · Parrinello-Rahman · C-rescale的优缺点与使用技巧
压力耦合方法详解Berendsen
15
约束算法参数
LINCS（阶数 · 迭代次数） · SETTLE（刚性水）的配置与注意事…
约束算法参数LINCS
16
长程静电处理
PME（Fourier网格间距 · 插值阶数） · TPIC
长程静电处理PME
17
范德华相互作用
力场截断方案（Switch · Force-switch） · 长程校正与组合规则
范德华相互作用Switch
18
时间步长与采样频率
dt的合理范围 · nstlist · nstcalcenergy及nstx…
时间步长采样频率
19
输出文件控制
traj_comp · traj_pbc · xvg格式
输出文件控制traj
20
GPU加速参数
gpu_id · pme gpu · bonded gpu
GPU加速参数
21
并行计算参数
mdrun的-np · -ntomp · -pin
并行计算参数mdrun
22
稳定性调优参数
Verlet截断方案 · rcoulomb · rvdw
稳定性调优参数Verlet
23
自由能计算参数
init-lambda · delta-lambda · sc-alpha
自由能计算参数init-lambda
24
增强采样参数
伞形采样（pull参数） · Metadynamics（plume…
增强采样参数pull
25
分析工具参数
gmx rmsd · gmx distance · gmx sasa等常用分析命令的选项…
分析工具参数gmx
26
轨迹后处理参数
gmx trjconv的-fr · -skip · -pbc
轨迹后处理参数gmx
27
自定义力场参数
在.itp或fbbonded.itp… · 注意单位与兼容性
自定义力场参数itp
28
虚拟站点参数
虚拟位点的类型定义 · 质量分布 · 与Q的推导关系
虚拟站点参数虚拟位点的类型定…
29
特殊体系参数配置
膜体系（lipid · CHARMM-GUI） · 蛋白-配体复合物的参数适配技巧
特殊体系参数配置lipid
30
参数调试与常见错误
从log文件诊断冲突 · 调整势能参数 · 使用gmx check等工具
参数调试常见错误