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本课程属于：013-GROMACS轨迹模拟 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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Nextflow编排GROMACS模拟与轨迹分析

共计 30 章节
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01
Nextflow简介
发展历史 · 核心概念 · 与Snakemake/CWL对比
Nextflow简介
02
GROMACS简介
分子动力学基础 · 应用场景 · 常用命令概览
GROMACS简介
03
环境搭建
Nextflow安装 · Java配置 · GROMACS容器获取与测试
环境搭建Nextflow
04
Nextflow基础语法
进程(process)与通道(cha… · 工作流定义
Nextflow基础语法
05
第一个流程
使用Nextflow运行GROMAC…
第一个流程Nextflow
06
通道类型
值通道 · 队列通道 · 关联通道
通道类型值通道
07
文件处理
输入输出文件声明 · 文件模式匹配 · 压缩文件操作
文件处理输入输出文件声明
08
进程定义详解
脚本块 · 输入输出声明 · 资源请求(clusterOption…
进程定义详解脚本块
09
参数化流程
params参数 · 配置文件 · 命令行参数覆盖
参数化流程params
10
配置文件
nextflow.config · 配置文件层次 · 环境变量
配置文件nextflow.con…
11
DSL2模块化
模块定义 · 模块导出 · 跨文件复用
DSL2模块化
12
子工作流
模块化组合 · 嵌套工作流 · 函数式工作流
子工作流模块化组合
13
条件执行
when子句 · if语句 · 开关参数控制分支
条件执行when
14
错误处理
errorStrategy · maxRetries · 重试与失败终止逻辑
错误处理errorStrateg…
15
资源管理
CPU · 内存 · 队列设置
资源管理CPU
16
容器化
Docker与Singularity… · 容器注册表 · 环境变量传递
容器化Docker
17
并行执行
多进程数组 · 分割合并策略 · 大批量任务处理
并行执行多进程数组
18
检查点与恢复
缓存机制 · -resume用法 · stub-run调试模式
检查点恢复
19
流程发布
publishDir · 结果组织 · 目录结构与命名规范
流程发布publishDir
20
测试流程
单元测试(nf-test) · 集成测试 · 模拟运行
测试流程nf-test
21
日志与监控
nextflow.log分析 · trace文件 · DAG可视化与报告
日志监控
22
GROMACS典型任务
能量最小化 · NVT平衡 · NPT平衡参数配置
GROMACS典型任务
23
构建完整MD流程
从拓扑生成到生产跑动 · 输出轨迹文件
MD构建完整
24
使用多种力场
OPLS-AA · AMBER · CHARMM参数文件管理与调用
使用多种力场OPLS-AA
25
轨迹分析集成
gmx rmsd · gmx rgyr · gmx sasa等分析嵌入流程
轨迹分析集成gmx
26
增强采样技术
伞形采样(umbrella)中Nex…
增强采样技术umbrella
27
参数扫描
创建多参数组合队列 · 并行运行多个GROMACS模拟
参数扫描创建多参数组合队…
28
多力场对比分析
并行运行多组不同力场模拟 · 统一结果对比
多力场对比分析并行运行多组不同…
29
报告生成
输出JSON/CSV汇总 · 结合Markdown模板自动生成报告
报告生成JSON/CSV
30
部署到生产
CI/CD流水线 · Nextflow Tower配置 · 云端资源调度
部署到生产CI/CD