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R语言物种丰度统计分析与可视化教程

共计 30 章节
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01
R语言与RStudio安装及基础操作
数据类型 · 向量 · 数据框
RStudioR语言
02
物种丰度数据导入
读取OTU/ASV表 · 分类学注释文件 · 样本元数据
物种丰度数据导入OTU/ASV
03
数据清洗与过滤
去除低丰度OTU · 低深度样本 · 质控步骤
数据清洗过滤
04
数据标准化方法
相对丰度 · CSS · TMM
数据标准化方法相对丰度
05
物种注释汇总
按门 · 纲 · 目
物种注释汇总按门
06
Alpha多样性指标计算
Shannon · Simpson · Chao1
Alpha多样性指标计算
07
Alpha多样性可视化
箱线图 · 小提琴图 · 带抖动点的组合图
Alpha多样性可视化
08
Beta多样性距离矩阵
Bray-Curtis · Jaccard · UniFrac（加权/未加权）
Beta多样性距离矩阵
09
主坐标分析（PCoA）与可视化
解释变异百分比 · 添加置信椭圆
PCoA主坐标分析
10
非度量多维尺度分析（NMDS）
压力值评估 · 分组着色
NMDS非度量多维尺度分…
11
置换多元方差分析（PERMANOVA）
adonis函数与成对比较
PERMANOVA置换多元方差分析
12
组间差异检验
ANOSIM · MRPP · 多组比较
组间差异检验ANOSIM
13
热图展示物种丰度模式
pheatmap包 · 行列注释 · 颜色梯度
热图展示物种丰度…pheatmap
14
堆叠柱状图展示群落组成
ggplot2实现 · 按分组排序
堆叠柱状图展示群…ggplot2
15
圈图/饼图展示相对丰度
circlize包 · 环形热图
圈图饼图展示相对丰度
16
差异丰度分析基础
Wilcoxon秩和检验 · 多重假设校正
差异丰度分析基础Wilcoxon
17
差异丰度分析（DESeq2）
负二项模型在微生物组的适配
DESeq2差异丰度分析
18
差异丰度分析（edgeR/limma）
准似然F检验 · voom方法
edgeR/limma差异丰度分析
19
差异丰度分析（ANCOM-BC）
基于比值的稳健方法
ANCOM-BC差异丰度分析
20
线性判别分析效应大小（LEfSe）
LDA score · 层次分析图
LEfSe线性判别分析效应…
21
差异结果可视化
火山图 · 曼哈顿图 · MA图
差异结果可视化火山图
22
功能预测（PICRUSt2）
KEGG · COG通路丰度推断
PICRUSt2功能预测
23
功能差异分析
STAMP风格多组比较 · 功能热图
功能差异分析STAMP
24
共现网络分析
igraph构建节点边 · 生态网络布局
共现网络分析igraph
25
随机森林分类与特征重要性
变量筛选 · 错误率评估
随机森林分类特征重要性
26
环境因子关联分析
CCA/RDA · 方差分解 · envfit检验
环境因子关联分析CCA/RDA
27
时间序列分析
微生物群落动态 · 线性混合效应模型
时间序列分析微生物群落动态
28
稀释曲线（Rarefaction）
iNEXT包 · 物种累积曲线
Rarefaction稀释曲线
29
ggplot2主题定制与复杂多图组合
gridExtra/patchwor…
ggplot2主题定制
30
项目实战
从OTU表到完整分析报告（含代码与输…
项目实战OTU