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Kraken2与MetaPhlAn丰度分析效果对比

共计 30 章节
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01
宏基因组学概述与工具选型
介绍宏基因组学研究流程 · 为什么需要Kraken2和MetaP…
宏基因组学概述工具选型
02
Kraken2简介
历史 · 发展 · 核心思想（k-mer匹配
Kraken2简介
03
MetaPhlAn简介
历史 · 发展 · 核心思想（标记基因直系同源簇）
MetaPhlAn简介
04
Kraken2原理详解
k-mer索引 · 数据库构建 · 分类算法
Kraken2原理详解
05
MetaPhlAn原理详解
Marker基因选择 · Bowtie2比对 · 丰度估计
MetaPhlAn原理详解
06
Kraken2数据库
标准数据库（PlusPF等） · 自定义数据库构建
Kraken2数据库
07
MetaPhlAn数据库
默认数据库（mpa_XXX）以及更新…
MetaPhlAn数据库
08
Kraken2安装
conda安装 · 源码编译 · docker使用
Kraken2安装
09
MetaPhlAn安装
conda安装 · 依赖管理（Bowtie2等）
MetaPhlAn安装
10
Kraken2基础用法
单端/双端输入 · 快速分类输出格式（kraken2报告 · 分类结果）
Kraken2基础用法
11
MetaPhlAn基础用法
输入fastq · 生成profile · 合并结果
MetaPhlAn基础用法
12
Kraken2输出解读
报告文件字段（percentage · reads · taxlevel等）
Kraken2输出解读
13
MetaPhlAn输出解读
profile表（物种丰度 · 覆盖度 · marker gene等）
MetaPhlAn输出解读
14
Kraken2性能调优
内存控制 · 线程数 · 运行速度与精度权衡
Kraken2性能调优
15
MetaPhlAn性能调优
bowtie2参数 · 并行 · 运行时监控
MetaPhlAn性能调优
16
Kraken2适用场景
高通量快速筛查 · 未知微生物检测 · 病毒检测
Kraken2适用场景
17
MetaPhlAn适用场景
物种精确定量 · 已知菌群分析 · 多组学整合
MetaPhlAn适用场景
18
两者对比
分类粒度 · 运行速度 · 数据库依赖性
两者对比分类粒度
19
实际案例1
肠道微生物组分析——使用Kraken…
实际案例1Kraken
20
实际案例2
肠道微生物组分析——使用MetaPh…
实际案例2MetaPh
21
实际案例3
环境样本中抗生素耐药基因（ARG）检…
实际案例3ARG
22
实际案例4
低丰度病原体检测——Kraken2的…
实际案例4Kraken2
23
实际案例5
菌株级别分析——MetaPhlAn的…
实际案例5MetaPhlAn
24
Kraken2的扩展工具
Bracken（估计相对丰度） · KrakenUniq（唯一k-mer…
Kraken2的扩展工具
25
MetaPhlAn的扩展工具
HUMAnN（功能分析） · GraPhlAn（系统发育可视化）
MetaPhlAn的扩展工具
26
数据预处理对Kraken2和MetaPhlAn的影响
质量过滤 · 去除宿主reads
Kraken2MetaPhlAn
27
多样本比较与统计
基于Kraken2/Bracken的… · 基于MetaPhlAn的差异性分析
多样本比较统计
28
结果可视化
Krona图 · lefse · PcoA等
结果可视化Krona
29
常见问题与排错
数据库下载失败 · 内存不足 · 分类不一致等
常见问题排错
30
未来趋势与选型建议
长读长测序 · 机器学习方法 · 以及针对特定场景的最佳实践
未来趋势选型建议