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本课程属于：010-宏基因组物种丰度分析 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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Kraken2与MetaPhlAn对比选型指南

共计 30 章节
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01
引言
什么是宏基因组物种分类？Kraken…
引言Kraken
02
Kraken2原理
基于k-mer的快速分类算法
Kraken2原理
03
MetaPhlAn原理
基于标记基因的分类方法
MetaPhlAn原理
04
数据库结构对比
Kraken2的Minimizer数…
数据库结构对比Kraken2
05
安装与环境配置
Kraken2的安装步骤
安装环境配置
06
MetaPhlAn安装与依赖管理
MetaPhlAn安装与依赖管理 · 核心概念 · 实践要点
MetaPhlAn安装
07
Kraken2基本使用方法
命令行参数详解
Kraken2基本使用方法
08
MetaPhlAn基本使用方法与参数
MetaPhlAn基本使用方法与参数 · 核心概念 · 实践要点
MetaPhlAn基本使用方法
09
结果输出格式对比
Kraken2报告与MetaPhlA…
结果输出格式对比Kraken2
10
速度与内存消耗对比
基准测试结果
速度内存消耗对比
11
准确性对比
不同物种水平的灵敏度与特异性
准确性对比不同物种水平的灵…
12
分类粒度
从界到种的分辨率差异
分类粒度从界到种的分辨率…
13
对低丰度物种的检测能力分析
对低丰度物种的检测能力分析 · 核心概念 · 实践要点
对低丰度物种的检…重点
14
对未知/新物种的识别能力
对未知/新物种的识别能力 · 核心概念 · 实践要点
对未知新物种的识别能力
15
数据库下载与管理
Kraken2数据库
数据库下载管理
16
MetaPhlAn数据库（ChocoPhlAn）的管理
MetaPhlAn数据库（ChocoPh… · 核心概念 · 实践要点
MetaPhlAnChocoPhlAn
17
自定义数据库构建
Kraken2方法
自定义数据库构建Kraken2
18
自定义数据库构建
MetaPhlAn方法
自定义数据库构建MetaPhlAn
19
并行与集群支持
如何加速分析
并行集群支持
20
与其他工具整合
Bracken与StrainPhlA…
其他工具整合Bracken
21
实际案例
肠道微生物组分析流程
实际案例肠道微生物组分析…
22
实际案例
环境样本分析流程
实际案例环境样本分析流程
23
实际案例
临床样本分析流程
实际案例临床样本分析流程
24
结果可视化
KrakenTools与PhyloP…
结果可视化KrakenTools
25
常见错误与调试技巧
常见错误与调试技巧 · 核心概念 · 实践要点
常见错误调试技巧
26
选型决策树
何时选用Kraken2
选型决策树Kraken2
27
选型决策树
何时选用MetaPhlAn
选型决策树MetaPhlAn
28
两者联合使用策略与工作流
两者联合使用策略与工作流 · 核心概念 · 实践要点
两者联合使用策略工作流
29
性能基准测试方法与可用资源
性能基准测试方法与可用资源 · 核心概念 · 实践要点
性能基准测试方法可用资源
30
未来展望与替代工具（Bracken、Centrifuge、Kaiju等）
未来展望与替代工具（Bracken · 核心概念 · 实践要点
BrackenCentrifuge