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本课程属于：009-Visium空间转录组聚类 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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Visium转录组聚类与细胞通讯分析

共计 30 章节
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01
课程介绍与概述
空间转录组技术发展史 · Visium平台核心优势 · 课程目标与学习路径
课程介绍空间转录组技术发…
02
空间转录组技术原理
Visium芯片结构 · 探针捕获机制 · 测序流程与数据生成
空间转录组技术原…Visium
03
实验设计与样本准备
组织切片 · 固定染色 · 探针杂交
实验设计样本准备
04
数据获取
从10x Genomics官网下载示… · 自有数据上传与组织方式
数据获取Genomics
05
环境搭建
安装R/RStudio · Python · Conda
环境搭建R/RStudio
06
数据导入
读取Space Ranger输出的f…
数据导入Space
07
质量控制基础
UMI计数分布 · 基因数分布 · 线粒体/核糖体比例的血细胞质量标准
质量控制基础UMI
08
数据过滤
基于QC指标的斑点（spot）筛选 · 基因过滤 · 双细胞与空斑识别
数据过滤QC
09
数据标准化
LogNormalize方法 · SCTransform方法 · 以及基于模型的标准化的选择场景
数据标准化LogNormalize
10
特征选择
寻找高变基因（HVGs） · 基于方差或分散度的方法 · 参数调节
特征选择HVGs
11
降维
主成分分析（PCA）的原理 · 肘部图与JackStraw确定PC数… · 降维后数据保存
降维PCA
12
聚类基础
基于图的聚类（Louvain/Lei… · KNN构图 · 分辨率参数对聚类结果的影响
聚类基础Louvain/Lei
13
聚类参数调优
分辨率扫描 · 簇稳定性评估 · Silhouette分数与生物学先验…
聚类参数调优分辨率扫描
14
空间可视化与注释
tSNE/UMAP降维可视化结合空间… · 手动标注感兴趣区域
空间可视化注释
15
差异表达分析（一）
基于聚类簇的差异基因筛选 · Wilcoxon秩和检验 · LogFC与p值阈值
差异表达分析基于聚类簇的差异…
16
差异表达分析（二）
批量效应校正 · 伪重复处理 · 多种差异工具对比（DESeq2
差异表达分析批量效应校正
17
空间域识别
通过聚类结果定义空间功能区域 · 结合组织学图像进行验证
空间域识别通过聚类结果定义…
18
标记基因识别
每个聚类的top差异基因 · 热图与气泡图可视化 · 基于文献的marker匹配
标记基因识别top
19
细胞类型注释（一）
基于已知marker基因的自动注释（… · CellMatch等工具）
细胞类型注释marker
20
细胞类型注释（二）
手动注释策略 · 参考数据库（PanglaoDB · CellMarker）的整合使用
细胞类型注释手动注释策略
21
空间邻域分析
构建空间邻居图 · 计算共富集分数 · 识别空间共定位模式
空间邻域分析构建空间邻居图
22
配体-受体分析与细胞通讯
CellChat · NicheNet在空间数据中的应用 · 配体-受体对的统计检验
配体受体分析
23
空间转录组与单细胞RNA-seq整合（一）
整合策略概述 · Seurat的CCA · Harmony与RPCA方法
RNA-seq空间转录组
24
空间转录组与单细胞RNA-seq整合（二）
实操案例 · 映射单细胞亚群到空间斑点 · 联合分析
RNA-seq空间转录组
25
轨迹伪时间分析
在空间数据中推断细胞分化轨迹 · Monocle3 · Slingshot的使用注意事项
轨迹伪时间分析空间数据
26
空间基因表达模式识别
SpatialDE · Trendsceek · SOMDE等工具识别局部富集与渐变模…
空间基因表达模式…SpatialDE
27
高级可视化技巧
ggplot2/plotly绘制空间… · 交互式Shiny应用 · 3D空间重建
高级可视化技巧ggplot2/plot…
28
结果解读与生物学意义
聚类结果与组织病理关联 · 空间区域功能富集分析（GO · KEGG）
结果解读生物学意义
29
常见问题与调试
内存不足 · 聚类不稳定 · 批次效应
常见问题调试
30
项目实战案例
小鼠脑组织Visium数据分析全流程… · 从原始数据到生物学发现
项目实战案例Visium