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Visium低质量Spot过滤与空间分区分析

共计 30 章节
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01
Spot过滤简介
什么是Spot过滤 · 在空间转录组中的核心应用场景
Spot过滤简介
02
基因筛选概述
基因筛选的定义 · 目的与常见应用（如寻找标记基因 · 空间变量基因）
基因筛选概述基因筛选的定义
03
数据格式解析
h5 · mtx · spatial目录结构
数据格式解析h5
04
数据加载与预处理
使用Scanpy/Seurat加载空… · 合并多个样本
数据加载预处理
05
质量指标概览
UMI计数 · 线粒体基因比例 · 核糖体基因比例
质量指标概览UMI
06
基本过滤策略
去除低质量spot（UMI<500 · 基因数<200）和低表达基因（在<3…
基本过滤策略spot
07
双峰过滤法
基于总UMI与基因数的双峰分布自动确…
双峰过滤法UMI
08
空液滴过滤
去除背景spot（EmptyDrop… · 硬阈值与软阈值）
空液滴过滤spot
09
基因表达筛选
高变基因（HVG）选择方法（Bren… · Seurat v3 · SCANPY‘seurat_v3’）
基因表达筛选HVG
10
批次校正
Harmony · MNN · scVI对不同样本间的batch效应…
批次校正Harmony
11
标准化方法对比
LogNormalize · SCTransform · Pearson残差
标准化方法对比LogNormalize
12
降维PCA
主成分数目选择（肘部图 · JackStraw） · PC加载基因解读
PCA降维
13
聚类与注释
Louvain/Leiden聚类参数… · 结合已知细胞类型注释
聚类注释
14
差异表达分析
Wilcoxon秩和检验 · MAST · FindAllMarkers找clu…
差异表达分析Wilcoxon
15
空间变量基因识别
Moran‘s I · Geary’s C · SPARK-X
空间变量基因识别Moran
16
阈值设定技巧
如何避免过度过滤导致信息丢失 · 如何利用QC指标分布图选阈值
阈值设定技巧如何避免过度过滤…
17
可视化验证
UMAP · 空间散点图 · Spot表达热图
可视化验证UMAP
18
自动化过滤流程
基于Scanpy搭建可复用的QC过滤…
自动化过滤流程Scanpy
19
单细胞参考映射
利用单细胞参考（如scRNA-seq… · SPOTlight）
单细胞参考映射scRNA-seq
20
去卷积方法实战
CARD · cell2location参数调节与…
去卷积方法实战CARD
21
细胞比例分析
通过去卷积计算每个spot中各细胞类… · 绘制空间比例图
细胞比例分析spot
22
空间区域识别
基于过滤后的高质量spot进行空间聚… · 区域边界检测
空间区域识别spot
23
基因筛选与功能富集
对筛选到的top基因做GO · KEGG · Reactome富集分析
基因筛选功能富集
24
多条件组合过滤
AND/OR逻辑组合多个QC指标 · 定制过滤规则（如严格模式/宽松模式）
多条件组合过滤AND/OR
25
数据质量控制报告
自动生成QC报告（HTML/PDF） · 包含图表与总结表
数据质量控制报告QC
26
实战案例1
人脑组织（10x Visium）sp…
实战案例1Visium
27
实战案例2
小鼠肿瘤组织（Slide-seqV2…
实战案例2Slide-seqV2
28
常见问题与规避
低质量数据导致过度过滤 · 批次效应混淆 · 稀有细胞丢失等
常见问题规避
29
性能优化
大数据集（>1万spot）的内存管理 · 并行计算 · 稀疏矩阵处理技巧
性能优化spot
30
课程总结与扩展
推荐工具链（SpaGCN · Giotto） · 未来趋势（多模态融合
课程总结扩展