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本课程属于：009-Visium空间转录组聚类 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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Singularity部署Visium分析与集群计算

共计 30 章节
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01
Singularity简介
容器化概念 · 与Docker区别 · 应用场景
Singularity简介
02
Singularity安装
系统要求 · Linux安装 · 版本验证
Singularity安装
03
Singularity基础命令
pull · build · shell
Singularity基础命令
04
容器镜像格式
sandbox与sif的区别与使用
容器镜像格式sandbox
05
从Docker镜像构建Singularity容器
从Docker镜像构建Singulari… · 核心概念 · 实践要点
DockerSingularity
06
Definition文件入门
Bootstrap · From · %post等指令
Definition文件入门
07
编写Definition文件
定义基础镜像和安装步骤
Definition编写
08
构建Visium分析基础镜像
选择操作系统和依赖
Visium构建
09
安装Space Ranger
下载 · 解压 · 配置PATH
SpaceRanger
10
容器内安装生物信息学工具
STAR · samtools · bcl2fastq
容器内安装生物信…STAR
11
安装Python和R环境
conda或手动安装
Python安装
12
安装Scanpy和Seurat
单细胞分析库
ScanpySeurat
13
测试容器
运行spaceranger mkfa…
测试容器spaceranger
14
使用Singularity run执行spaceranger count
使用Singularity run执行s… · 核心概念 · 实践要点
Singularityrun
15
挂载数据目录
--bind选项详解
挂载数据目录bind
16
环境变量传递
--env和环境变量文件
环境变量传递env
17
使用GPU加速
--nv选项及nvidia驱动
GPU使用
18
在容器中运行Jupyter Notebook
配置端口和内核
JupyterNotebook
19
在容器中运行RStudio Server
在容器中运行RStudio Server · 核心概念 · 实践要点
RStudioServer
20
保存容器镜像
push到Singularity L…
保存容器镜像push
21
从Library拉取和使用镜像
从Library拉取和使用镜像 · 核心概念 · 实践要点
Library拉取
22
在SLURM集群上提交Singularity任务
在SLURM集群上提交Singulari… · 核心概念 · 实践要点
SLURMSingularity
23
结合Nextflow或Snakemake使用Singularity
结合Nextflow或Snakemake… · 核心概念 · 实践要点
NextflowSnakemake
24
性能优化
缓存 · 临时目录 · 文件系统
性能优化缓存
25
常见错误处理
权限 · 库依赖 · 版本冲突
常见错误处理权限
26
多版本管理
标签和别名
多版本管理标签
27
可重复性
锁定镜像版本和校验和
可重复性锁定镜像版本
28
完整示例
从fastq到表达矩阵的Visium…
完整示例fastq
29
安全最佳实践
签名验证 · 只读文件系统
安全最佳实践签名验证
30
总结与未来展望
Singularity在空间转录组中…
未来展望Singularity