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AutoDock药物虚拟筛选与对接结果验证

共计 30 章节
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01
虚拟筛选概述与AutoDock简介
虚拟筛选的概念与流程 · AutoDock发展历史 · 主要应用场景
AutoDock虚拟筛选概述
02
AutoDock工具套件安装与配置
在Linux/Windows下安装A… · AutoDock Tools · MGLTools
AutoDock工具套件安装
03
受体结构的获取
从PDB数据库下载蛋白质结构 · 识别配体与结晶水
受体结构的获取PDB
04
受体预处理
移除配体和水 · 加氢 · 添加电荷
受体预处理移除配体
05
配体结构的获取
从ZINC · PubChem或ChEMBL下载小分…
配体结构的获取ZINC
06
配体预处理
能量最小化 · 生成MOL2/PDB格式 · 转化为PDBQT
配体预处理能量最小化
07
对接盒子（Grid Box）的设定
基于已知结合位点或预测口袋设定坐标与…
GridBox
08
AutoGrid参数文件编写
gpf文件格式说明 · 栅格间距与扩展设置
AutoGrid参数文件编写
09
运行AutoGrid与生成Map文件
命令行调用 · 多核加速技巧
AutoGridMap
10
AutoDock对接参数文件编写
dpf文件中对接算法（GA · LS） · 运行次数
AutoDock对接参数文件编写
11
运行AutoDock对接
命令行执行 · 日志输出 · 常见错误排查
AutoDock运行
12
结果文件解读
dlg文件结构 · 结合自由能 · 抑制常数Ki
结果文件解读dlg
13
结果可视化
用AutoDock Tools和Py… · 相互作用
结果可视化AutoDock
14
对接姿势聚类分析
RMSD计算 · 聚类参数选择 · 代表性姿势提取
对接姿势聚类分析RMSD
15
多个配体的批量虚拟筛选
Shell脚本自动化循环 · 结果汇总
多个配体的批量虚…Shell
16
使用AutoDock Vina进行快速对接
Vina安装 · 配置文件编写 · 对比AutoDock 4
AutoDockVina
17
柔性对接（AutoDockFR）
处理侧链柔性 · 设置柔性残基 · 提高准确度
AutoDockFR柔性对接
18
水分子在对接中的处理
保留关键水分子 · 水分子策略 · 影响打分
水分子对接
19
对接参数优化
遗传算法种群数 · 最大评估次数 · 局部搜索频率对结果的影响
对接参数优化遗传算法种群数
20
虚拟筛选库构建
从ZINC下载子集 · 去重 · 生成数据库索引
虚拟筛选库构建ZINC
21
分子相似性搜索辅助虚拟筛选
基于指纹的预筛选 · 减少计算负担
分子相似性搜索辅…基于指纹的预筛选
22
基于GPU加速的对接
AutoDock-GPU版本 · CUDA配置 · 性能对比
GPU基于
23
结果后处理
计算对接命中率 · 提取Top-N配体 · 生成对接报告
结果后处理计算对接命
24
结合位点预测与对接策略
使用P2Rank或FPocket预测… · 定义网格
结合位点预测对接策略
25
案例一
HIV蛋白酶抑制剂的虚拟筛选——从已…
案例一HIV
26
案例二
EGFR激酶抑制剂的虚拟筛选——考虑… · 耐药突变
案例二EGFR
27
案例三
新冠病毒主蛋白酶（Mpro）抑制剂的…
案例三Mpro
28
虚拟筛选评估指标
ROC曲线 · AUC · 富集因子（EF）
虚拟筛选评估指标ROC
29
常见问题与排错
坐标不匹配 · 原子类型缺失 · 运行崩溃
常见问题排错
30
总结与未来展望
深度学习打分函数 · 自由能微扰（FEP）与AutoDoc…
未来展望深度学习打分函数