VIP20
本课程属于：004-AutoDock分子对接筛选 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

AutoDock Vina依赖安装与环境故障排查

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
课程介绍
AutoDock Vina的定位 · 应用场景 · 以及安装前需要具备的基础知识（Lin…
课程介绍AutoDock
02
操作系统选择
Linux · macOS · Windows三者的安装难易度对比
操作系统选择Linux
03
依赖管理概览
编译Vina所需的底层库（OpenM… · Boost · Eigen
依赖管理概览Vina
04
Python环境准备
Anaconda/Miniconda… · 避免conda下载过慢
Python环境准备
05
conda虚拟环境创建
为什么建议使用虚拟环境？创建独立环境…
conda虚拟环境创建
06
编译工具链安装
GCC · CMake · Make的版本要求
编译工具链安装GCC
07
OpenBabel安装
用于分子格式转换（mol2→pdbq… · 源码安装 vs conda安装 · 可能遇到的依赖缺失
OpenBabel安装
08
ADFR Suite安装
AutoDock Tools配套包 · 设置ADFR环境变量（ADFR_HO… · 常见路径配置错误
ADFRSuite
09
MGLTools安装
prepare_receptor4.… · Python2/3兼容性处理
MGLTools安装
10
从源码编译Vina
下载GitHub源码 · CMake配置选项（-DBUILD_… · 执行make
Vina从源码编译
11
编译常见错误（一）
找不到Boost库（BOOST_RO… · 路径错误） · 如何定位并修复
编译常见错误Boost
12
编译常见错误（二）
OpenMP链接失败（libgomp… · 安装g++-multilib或调整编…
编译常见错误OpenMP
13
编译常见错误（三）
Eigen3库版本过低或路径错误 · 手动下载并指定EIGEN3_INCL…
编译常见错误Eigen3
14
使用预编译二进制
官方Release页面下载对应系统的… · 选择x86_64静态链接版本的优势
使用预编译二进制Release
15
GPU加速版本安装（Vina-GPU）
CUDA Toolkit与cuDNN… · 编译时NVCC选项设置
GPUVina-GPU
16
通过Conda安装Vina
bioconda渠道命令“conda… · 解决与OpenBabel的版本冲突
CondaVina
17
环境变量配置
PATH · LD_LIBRARY_PATH的全局… · 优先使用conda activate…
环境变量配置PATH
18
权限问题
安装到系统目录（/usr/local… · 建议安装到用户家目录（~/softw…
权限问题usr/local
19
测试安装
运行“vina --help”确认命… · 使用官方示例（docking tut…
测试安装vina
20
解决“command not found”
检查PATH是否包含vina所在目录 · 或使用绝对路径
commandnot
21
解决“segmentation fault”
常见原因（内存不足 · 库版本不一致 · 输入文件异常）
segmentationfault
22
解决“cannot open shared object file”
动态库查找路径问题 · 使用ldd命令定位缺失so
cannotopen
23
使用Docker/Singularity容器
彻底隔离依赖 · 提供Dockerfile示例及运行命…
Docker/Singu…使用
24
多版本Vina共存
安装1.2.x和2.0.x · 通过软链接或别名区分 · 避免环境变量覆盖
Vina多版本
25
常见错误——输入文件问题
receptor缺少原子类型 · ligand电荷未分配 · 导致Vina报错
常见错误输入文件问题
26
网络问题
下载依赖超时或失败 · 设置pip/conda国内镜像源 · 使用代理
网络问题下载依赖超时或失…
27
更新与卸载
安全升级Vina（conda upd… · 彻底卸载残留文件
更新卸载
28
案例实战
从零开始在Ubuntu 22.04上…
案例实战Ubuntu
29
扩展工具脚本
vina_split（分离对接模式） · prepare_dpf4.py等配套…
扩展工具脚本vina
30
总结与资源
官方文档链接 · 常见问题FAQ · BioStars论坛
资源官方文档链接