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AutoDock Vina对接评分排序与结果复核

共计 30 章节
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01
AutoDock Vina 简介
Vina 在分子对接中的地位 · 主要特点 · 与传统 AutoDock 4 的区别
AutoDockVina
02
安装与配置
在 Linux/Windows/ma… · 配置环境变量与依赖库
安装配置
03
输入文件准备
受体与配体结构文件（PDB） · 准备 pdbqt 格式的命令与常用工… · OpenBabel）
输入文件准备PDB
04
配置文件详解
Vina 配置文件（.conf）的书… · 包括中心坐标 · 盒子大小
配置文件详解Vina
05
运行对接任务
终端命令行执行 Vina · 理解输出日志的关键信息（模式数 · 打分值
运行对接任务Vina
06
输出文件解析
对接模式（docked poses）… · 打分值（affinity）的解读
输出文件解析docked
07
打分函数原理（一）
Vina 的默认打分函数组成——范德… · 静电作用 · 氢键
打分函数原理Vina
08
打分函数原理（二）
各项能量项的权重 · 经验拟合过程 · 与 AutoDock 4 的 sco…
打分函数原理各项能量项的权重
09
打分值排序基础
如何从多个对接模式中按亲和力（kca… · 选择最佳模式
打分值排序基础kca
10
RMSD 计算与聚类
利用 Vina 自带的 rmsd 工… · 进行聚类分析
RMSD计算
11
批量对接策略
编写 Shell 或 Python… · 收集结果
批量对接策略Shell
12
结果汇总与表格输出
用 Python（pandas）解析… · 生成 CSV/Excel 汇总表
结果汇总表格输出
13
打分值阈值筛选
根据亲和力阈值（如 -8.0 kca… · 过滤低分模式
打分值阈值筛选kca
14
残基相互作用分析（一）
利用 PLIP · ProLIF 等工具分析对接 pos…
残基相互作用分析PLIP
15
残基相互作用分析（二）
热点残基识别 · 氢键网络分析 · 疏水接触频率统计
残基相互作用分析热点残基识别
16
可视化对接结果
PyMOL 批量载入 pdbqt 并… · VMD 或 ChimeraX 中显示…
可视化对接结果PyMOL
17
打分函数重打分（rescoring）
使用 X-Score · RF-Score · Vinardo 等对同一系列 pos…
rescoring打分函数重打分
18
一致性排序方法
综合多个打分函数进行 rank fu… · Borda 计数 · Z-score 整合）
一致性排序方法rank
19
机器学习辅助排序
利用 sklearn 训练回归模型预… · 比较与 Vina 原始打分的排序差异
机器学习辅助排序sklearn
20
AUC 与 enrichment 评估
准备活性/非活性数据集 · 计算 ROC 曲线 · AUC
AUCenrichment
21
虚拟筛选流程整合
将 Vina 对接与打分排序嵌入完整… · PAINS 过滤）
虚拟筛选流程整合Vina
22
结合自由能分解（MM/GBSA）
对 top 模式进行 MM/GBSA… · Amber）计算 · 对比 Vina 打分
MM/GBSA结合自由能分解
23
柔性对接与诱导契合
设置 Vina 的柔性残基（flex… · 处理侧链构象变化
柔性对接诱导契合
24
多靶点交叉打分排序
对同一配体在不同受体上的对接结果进行…
多靶点交叉打分排…对同一配体
25
打分结果的可重复性与统计
多次独立对接的均值和标准差 · 热图展示打分分布
打分结果的可重复…统计
26
基于图论的 pose 聚类
使用 DBSCAN / 层次聚类对大…
pose基于图论的
27
高性能计算加速
利用 GNU Parallel 或多… · 合并结果
高性能计算加速GNU
28
常见问题与避坑指南
盒子设置不准 · pdbqt 文件缺失 · 能量未收敛
常见问题避坑指南
29
实战案例一
激酶抑制剂虚拟筛选——从准备 · 对接 · 排序到推荐候选分子
实战案例一激酶抑制剂虚拟筛…
30
实战案例二
GPCR 配体结合模式分析——结合评…
实战案例二GPCR