2、AutoDock 工具套件安装与配置：在 Linux 与 Windows 下把环境搭起来

开始做虚拟筛选之前，得先把吃饭的家伙装好。AutoDock 套件主要包括三个部分：

• AutoDock 4.2 —— 核心计算引擎，做对接用的
• AutoDockTools (ADT) —— 图形前端，用来准备配体、受体，看结果
• MGLTools —— 底层工具包，ADT 就运行在它上面

这三样东西怎么装？说实话，网上教程很多，但有些坑我踩过好几次。这章我带你一步步走，尽量避开那些折腾人的地方。

2.1 安装前看一眼依赖环境

不管你是 Windows 还是 Linux，先确认这几个东西到位了：

• Python 2.7 —— MGLTools 目前还只支持 Python 2，别用 Python 3
• Java Runtime —— ADT 的界面需要 Java
• 编译器 —— Linux 下需要 gcc，Windows 下可以用 MinGW 或 Cygwin

2.2 Windows 下安装：一步步来，别跳步骤

Windows 下的安装其实比 Linux 更直观，但有几个细节容易忽略。

2.2.1 下载与安装 Python 2.7

1. 去 Python 官网下载 Python 2.7.18 (最后一个 2.x 版本)
2. 安装时勾选 "Add Python to PATH"
3. 完成安装后在 cmd 里验证：
   python --version
   # 应该显示 Python 2.7.18

2.2.2 安装 MGLTools

MGLTools 包含了 ADT 所有依赖。从官网下载 Windows 版 .exe 安装包，双击一步步点就行。默认路径建议保留：

C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.7

装完后记得去安装目录下看看，确认有这些文件夹：

MGLTools-1.5.7/
├── Python27/         # 自带的 Python 环境
├── Lib/              # 库文件
├── Scripts/          # 启动脚本
└── ADT/              # AutoDockTools 图形界面

2.2.3 安装 AutoDock 4.2 可执行文件

AutoDock 4.2 本身是个命令行程序，没有图形界面。在 Windows 下，你需要下载预编译的 .exe 文件。

下载后解压，放到方便的位置，比如：

C:\AutoDock\autodock4.exe
C:\AutoDock\autogrid4.exe

把这两个路径加到系统 PATH 里，这样以后在 cmd 里直接敲 autodock4 就能运行。

2.2.4 启动 ADT 图形界面

安装完 MGLTools 后，找到启动脚本：

C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.7\adt.bat

双击运行，应该能看到 ADT 的主窗口弹出来。如果没反应，多半是 Java 环境没配好。

2.3 Linux 下安装：灵活但要注意权限

我个人习惯用 Ubuntu 20.04 LTS 做筛选。Linux 下装这些工具，说白了就是解压 + 配置 PATH。先搞定 Python 2.7：

# Ubuntu/Debian
sudo apt-get update
sudo apt-get install python2.7 python2.7-dev

# 创建一个软链接方便调用
sudo ln -s /usr/bin/python2.7 /usr/local/bin/python2

2.3.1 安装 MGLTools

下载 Linux 版 MGLTools，解压到 /opt 目录下：

tar -xzf mgltools_1.5.7_Linux-x86_64.tar.gz
sudo mv mgltools_x86_64Linux_1.5.7 /opt/mgltools-1.5.7
cd /opt/mgltools-1.5.7
./install.sh

install.sh 脚本会自动配置 Python 环境和依赖。装完后，启动 ADT 的方式是：

/opt/mgltools-1.5.7/ADT/adt

# 编辑 ~/.bashrc 加入下面这行
alias adt='/opt/mgltools-1.5.7/ADT/adt'
source ~/.bashrc
adt    # 现在直接敲 adt 就能启动了

2.3.2 编译安装 AutoDock 4.2 源码

AutoDock 4.2 提供了源码，Linux 下最好自己编译。为什么要自己编译？因为预编译的二进制在一些新系统上会有 glibc 版本问题，我碰过好几次段错误。

# 安装编译依赖
sudo apt-get install build-essential gfortran

# 下载 autodocksuite 源码，解压到 ~/autodock_source
cd ~/autodock_source
tar -xzf autodocksuite-4.2.6.tar.gz
cd autodocksuite-4.2.6/src

# 编译 autogrid4
cd autogrid4
make
sudo cp autogrid4 /usr/local/bin/autogrid4

# 编译 autodock4
cd ../autodock4
make
sudo cp autodock4 /usr/local/bin/autodock4

# 验证
autodock4 --version
autogrid4 --version

2.4 环境验证——装完得试试能不能用

装完不等于能用。我习惯每次装好后都跑一个最小测试：用提供的 demo 配体受体跑个单分子对接。

执行下面这组命令，确认所有组件工作正常：

# 找一个 demo 配体文件 (如 1dth 的配体)
# 1. 准备配体文件
prepare_ligand4.py -l ligand.pdb -o ligand.pdbqt
# 输出: ligand.pdbqt

# 2. 准备受体文件
prepare_receptor4.py -r receptor.pdb -o receptor.pdbqt
# 输出: receptor.pdbqt

# 3. 生成格点参数文件
prepare_gpf4.py -l ligand.pdbqt -r receptor.pdbqt
# 输出: receptor.gpf

# 4. 运行 autogrid
autogrid4 -p receptor.gpf -l receptor.glg
# 输出: receptor.glg

# 5. 生成对接参数文件
prepare_dpf4.py -l ligand.pdbqt -r receptor.pdbqt
# 输出: ligand.dpf

# 6. 运行 autodock
autodock4 -p ligand.dpf -l ligand.dlg
# 输出: ligand.dlg

如果这些步骤都顺利跑完，没有报段错误或者“command not found”，那基本就可以说环境配好了。

2.5 本章知识体系速览

为了让整个安装流程和工具关系更清楚，我画了一张流程图。你看一眼就能明白每个模块怎么搭在一起：

2.6 安装汇总速查表

写一个表格，把你平时需要记住的信息全列出来，以后配新机器可以直接翻这一页：

工具	版本	安装方式	关键路径 / 命令
Python	2.7.18	官网下载 / apt-get	/usr/bin/python2.7
MGLTools	1.5.7	下载 → 解压 → ./install.sh	/opt/mgltools-1.5.7
AutoDock 4.2	4.2.6	源码编译 / 预编译 exe	/usr/local/bin/autodock4
AutoGrid 4	4.2.6	源码编译 / 预编译 exe	/usr/local/bin/autogrid4
ADT (图形前端)	1.5.7 (随 MGLTools)	随 MGLTools 自动安装	adt.bat / adt 脚本启动

2.7 常见问题与避坑

最后说几个我实际遇到过的问题，你遇到类似情况可以少走弯路。