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AutoDock分子对接参数优化与结果验证

共计 30 章节
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01
AutoDock概述
发展历史 · 版本差异（AD4 vs Vina） · 应用领域
AutoDock发展历史
02
AutoDock安装与环境配置
Linux/Windows/Mac安…
AutoDock安装
03
准备配体文件
PDBQT格式 · 加氢 · 电荷计算
准备配体文件PDBQT
04
准备受体文件
去除水分子 · 加极性氢 · 合并电荷
准备受体文件去除水分子
05
准备格点文件
AutoGrid的使用 · 格点参数设置
准备格点文件AutoGrid
06
Grid Box大小与中心确定
经验法则与自动生成
GridBox
07
运行AutoDock
基本命令与流程
AutoDock运行
08
理解输出文件
dlg文件解析 · 结合能与构象
理解输出文件dlg
09
分子对接结果分析
聚类 · 打分排序
分子对接结果分析聚类
10
参数调优概述
影响对接精度的关键参数
参数调优概述影响对接精度的关…
11
搜索算法参数
ga_run · pop_size · num_evals等
搜索算法参数ga
12
遗传算法参数详解
交叉率 · 变异率 · 局部搜索
遗传算法参数详解交叉率
13
评分函数参数
结合自由能计算中的权重调整
评分函数参数结合自由能计算
14
柔性残基设置
处理受体侧链柔性的技巧
柔性残基设置处理受体侧链柔性…
15
柔性对接参数调优
柔性残基数目和搜索空间
柔性对接参数调优柔性残基数目
16
网格分辨率与步长调节
对精度和速度的影响
网格分辨率步长调节
17
能量范围与最大散点聚类参数。
能量范围与最大散点聚类参数 · 核心概念 · 实践要点
能量范围最大散点聚类参数
18
多轮对接策略
从粗筛到精修
多轮对接策略从粗筛到精修
19
并行化与加速
使用MPI或GPU加速
并行化加速
20
常见问题与调优案例
结合能异常 · 构象不合理
常见问题调优案例
21
参数扫描自动化
脚本批量测试参数组合
参数扫描自动化脚本批量测试参数…
22
利用交叉验证评估参数
已知晶体结构复现
利用交叉验证评估…已知晶体结构复现
23
与其他对接软件对比调优
Glide · GOLD
其他对接软件对比…Glide
24
深度学习辅助参数选择
QM/MM结合
深度学习辅助参数…QM/MM
25
蛋白质-蛋白质对接参数调优（虽然AutoDock主要用于小分子）。
蛋白质-蛋白质对接参数调优（虽然Auto… · 核心概念 · 实践要点
AutoDock蛋白质
26
虚拟筛选中的参数设置
大规模库筛选的平衡
虚拟筛选参数设置
27
案例1
HIV蛋白酶抑制剂对接参数优化
案例1HIV
28
案例2
激酶抑制剂选择性筛选参数调优
案例2激酶抑制剂选择性…
29
案例3
天然产物虚拟筛选参数策略
案例3天然产物虚拟筛选…
30
总结与最佳实践
参数调优流程 · 资源推荐
最佳实践参数调优流程