2. AutoDock 安装与环境配置：Linux/Windows/Mac 安装教程

说实话，很多新手在分子对接上栽的第一个跟头，不是参数不会调，而是环境没配好。我刚入行那会儿，光在 Windows 上折腾 Python 和 MGLTools 的路径就花了两天。后来带项目时也发现，同样的脚本在不同系统上跑出不同结果，十有八九是安装步骤漏了东西。所以这一章，我把自己踩过的坑和总结的套路一次性讲清楚。

2.1 版本选择与依赖关系

我个人习惯把 AutoDock 4.2.6 作为首选，原因就一个：稳定。AutoDock Vina 虽然快，但有些旧力场参数在 Vina 里跑不了。你如果做药物筛选，建议两个都装。

组件	推荐版本	用途
Python	2.7.x 或 Miniconda 2	运行 ADT 脚本
MGLTools	1.5.7	提供 AutoDockTools（ADT）GUI 和工具包
AutoDock 4	4.2.6	核心对接引擎（命令行）
AutoDock Vina	1.2.3	加速对接（可选但推荐）

2.2 Linux 安装（Ubuntu 22.04 为例）

Linux 是最省心的平台。我主要用 Ubuntu 系列，CentOS 也类似，就是包管理命令换成 yum。

第一步：安装 Python 2.7 环境

sudo apt update
sudo apt install python2.7 python2.7-dev
# 检查版本
python2.7 --version

如果你不想折腾系统 Python，直接上 Miniconda 更干净：

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
# 一路 yes，安装完后
conda create -n adt_env python=2.7
conda activate adt_env

第二步：安装 MGLTools

去官网下载 Linux 版 MGLTools-1.5.7，或者直接用 wget：

wget https://ccsb.scripps.edu/mgltools/download/1.5.7/mgltools_Linux-x86_64_1.5.7.tar.gz
tar -xzf mgltools_Linux-x86_64_1.5.7.tar.gz
cd mgltools_Linux-x86_64_1.5.7
./install.sh

安装完成后，你会得到一个 MGLToolsPckgs 文件夹。启动 ADT 的命令在 ./bin/adt：

./bin/adt

第三步：编译 AutoDock 4

AutoDock 4 提供源码，需要自己编译。我在项目中遇到过编译失败，大多是因为缺少 libxml2 和 g++。

sudo apt install build-essential libxml2-dev
wget https://ccsb.scripps.edu/autodock/download/autodock4.2.6_src.tar.gz
tar -xzf autodock4.2.6_src.tar.gz
cd autodock4.2.6/src
make
# 编译后会在 src 目录生成 autodock4 可执行文件
sudo cp autodock4 /usr/local/bin/

验证一下：

autodock4 --help

能正常显示帮助信息，说明装好了。AutoGrid 4 的编译步骤一模一样，把 autogrid4 也一起编译并拷贝。

2.3 Windows 安装

Windows 稍微麻烦点。我一般推荐两种方式：一是直接装官方 exe 包，二是用 WSL（Windows Subsystem for Linux）。

方式一：官方 exe 安装（适合纯新手）

去 MGLTools 官网下载 mgltools_Windows_1.5.7.exe，双击安装。安装完成后在开始菜单找到 "AutoDockTools-1.5.7"，点击启动。

AutoDock 4 的 exe 包也需要单独下载：autodock4_setup.exe。安装后会自动添加环境变量，但最好手动确认一下。

# 打开 cmd，检查
autodock4 --help

方式二：WSL 安装（推荐）

如果你跟我一样习惯命令行，WSL 是最好选择。在 Windows 里装个 Ubuntu 子系统，然后完全按照 Linux 的安装步骤来。这样你后面写批量对接脚本也方便，不用纠结 Windows 的路径分隔符。

# 启用 WSL（管理员 PowerShell）
dism.exe /online /enable-feature /featurename:Microsoft-Windows-Subsystem-Linux /all /norestart
# 然后去 Microsoft Store 安装 Ubuntu 22.04

装完后在 Ubuntu 终端里直接执行上一节 Linux 的安装步骤就行。

2.4 macOS 安装

macOS 其实跟 Linux 很像，主要区别是用 Homebrew 装依赖。我自己的 MacBook 就是按这个流程配的。

第一步：安装 Homebrew 和 Python 2.7

/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"
brew install python@2

第二步：安装 MGLTools

wget https://ccsb.scripps.edu/mgltools/download/1.5.7/mgltools_MacOSX-x86_64_1.5.7.tar.gz
tar -xzf mgltools_MacOSX-x86_64_1.5.7.tar.gz
cd mgltools_MacOSX-x86_64_1.5.7
./install.sh

第三步：编译 AutoDock 4

brew install gcc libxml2
wget https://ccsb.scripps.edu/autodock/download/autodock4.2.6_src.tar.gz
tar -xzf autodock4.2.6_src.tar.gz
cd autodock4.2.6/src
make
sudo cp autodock4 /usr/local/bin/

2.5 环境验证：怎么确认装好了？

装完不验证等于白装。我习惯跑一个简单的三明治测试：

1. ADT 能打开：在终端输入 adt，应该弹出 GUI 窗口。
2. autodock4 能跑：autodock4 --help 有输出。
3. Python 能导入 ADT 模块：

python2.7 -c "from AutoDockTools import *; print('ADT modules loaded successfully')"

如果这三步都过了，说明你的环境已经可以开始做对接了。如果哪一步卡住，

2.6 知识体系总览

下面这张图把整个安装与配置流程串起来了。你对着这个图走一遍，基本不会漏东西。