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先导化合物优化结合模式预测实践

共计 30 章节
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01
先导化合物优化概述
先导化合物的概念 · 优化目标 · 结合模式预测的作用
先导化合物优化概…先导化合物的概念
02
结合模式预测理论基础
分子识别原理 · 结合自由能 · 关键相互作用力
结合模式预测理论…分子识别原理
03
分子对接基础
对接算法 · 刚性对接与柔性对接 · 评分函数
分子对接基础对接算法
04
常用分子对接软件
AutoDock Vina · Glide · GOLD
常用分子对接软件AutoDock
05
对接准备
配体与受体的结构获取 · 加氢 · 质子化状态设置
对接准备配体
06
对接盒设置
活性位点的确定 · 盒子大小与坐标设置
对接盒设置活性位点的确定
07
对接参数优化
构象搜索方法 · exhaustiveness · 输出构象数
对接参数优化构象搜索方法
08
对接结果分析
结合模式聚类 · 评分排序 · 关键残基相互作用
对接结果分析结合模式聚类
09
结合模式可视化
PyMOL · Chimera等软件的操作实践
结合模式可视化PyMOL
10
分子动力学模拟基础
力场选择 · 周期性边界条件 · 积分算法
分子动力学模拟基…力场选择
11
体系构建
蛋白-配体复合物溶剂化 · 添加离子 · 能量最小化
体系构建蛋白
12
模拟参数设置
温度 · 压力 · 时间步长
模拟参数设置温度
13
轨迹分析
RMSD · RMSF · 蛋白-配体距离等指标计算
轨迹分析RMSD
14
结合自由能计算
MM-PBSA/GBSA原理与实战操…
结合自由能计算MM-PBSA/GBSA
15
自由能微扰（FEP）基础
热力学循环 · 相对自由能计算
FEP自由能微扰
16
FEP实践
使用FEP+或类似工具进行相对结合自…
FEPFEP+
17
结合模式预测的机器学习方法
特征描述符 · 模型训练
结合模式预测的机…特征描述符
18
基于结构的QSAR
CoMFA · CoMSIA技术详解
QSAR基于结构的
19
基于深度学习的结合模式预测
图神经网络 · Transformer模型
基于深度学习的结…图神经网络
20
数据集的构建与处理
PDBbind数据库 · 特征标准化 · 数据划分
数据集的构建处理
21
模型评估指标
相关系数 · 均方误差 · ROC-AUC
模型评估指标相关系数
22
结合模式预测的常见陷阱
数据泄露 · 构象偏差 · 验证不足
结合模式预测的常…数据泄露
23
案例研究
先导化合物A的优化与结合模式预测全流…
案例研究先导化合物A的优…
24
案例研究
先导化合物B的迭代优化与实验验证
案例研究先导化合物B的迭…
25
集成策略
结合对接 · 动力学和机器学习的综合方法
集成策略结合对接
26
自动化工作流
使用Python脚本与Snakema…
自动化工作流Python
27
结合模式预测中的挑战
动态结合 · 水分子作用 · 难靶点
结合模式预测挑战
28
最新进展
AlphaFold2对结合模式预测的…
最新进展AlphaFold2
29
项目实践
针对给定靶点完成先导化合物优化与预测
项目实践针对给定靶点完成…
30
课程总结
知识体系回顾 · 工具推荐与后续学习路径
课程总结知识体系回顾