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药物研发结构序列联合表征工程

共计 30 章节
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01
药物研发中的结构序列联合表征工程导论
目标=课程定位 · 核心问题 · 结构数据与序列数据的互补价值
药物研发结构序列联合表征…
02
药物分子结构表示基础
目标=SMILES · InChI · 分子图
药物分子结构表示…SMILES
03
生物序列表示基础
目标=氨基酸序列 · 核苷酸序列 · 蛋白质结构域
生物序列表示基础目标=氨基酸序列
04
结构序列联合表征的数据工程
目标=多源数据采集 · 清洗 · 对齐
结构序列联合表征…目标=多源数据采…
05
分子图神经网络与序列模型接口
目标=GNN · GCN · GAT
分子图神经网络序列模型接口
06
联合嵌入空间构建方法
目标=对比学习 · 多模态自编码器 · 跨模态注意力
联合嵌入空间构建…目标=对比学习
07
蛋白质结构序列联合表征
目标=从PDB结构到氨基酸序列 · 利用AlphaFold类结构预测 · ESM类序列模型与图网络进行融合编码
蛋白质结构序列联…PDB
08
小分子药物结构序列联合表征
目标=分子图 · SMILES序列 · 3D构象与靶点序列的联合编码
小分子药物结构序…目标=分子图
09
核酸药物结构序列联合表征
目标=RNA/DNA序列 · 二级结构 · 化学修饰与递送相关特征的多模态融合表…
核酸药物结构序列…RNA/DNA
10
抗体与多肽药物结构序列联合表征
目标=CDR序列 · 抗体结构 · 多肽构象与靶点表位的联合建模及亲和力…
抗体多肽药物结构序列…
11
联合表征中的预训练与迁移学习
目标=掩码建模 · 对比预训练 · 多任务学习
联合表征预训练
12
结构序列联合表征用于靶点可成药性预测
目标=整合靶点序列 · 结构口袋与配体分子表示 · 构建可成药性分类与回归模型
结构序列联合表征…目标=整合靶点序…
13
结构序列联合表征用于虚拟筛选
目标=基于联合嵌入的相似性搜索 · 对接打分替代模型与大规模化合物库筛选…
结构序列联合表征…目标=基于联合嵌…
14
结构序列联合表征用于ADMET预测
目标=融合分子结构 · 序列特征与实验条件 · 构建吸收
ADMET结构序列联合表征…
15
结构序列联合表征用于药物-靶点相互作用预测
目标=DTA · DTI · 结合模式与亲和力预测中的联合编码架构…
结构序列联合表征…靶点相互作用预测
16
结构序列联合表征用于分子生成与优化
目标=条件生成 · 骨架跃迁 · 片段生长与多目标优化中的结构与序列联…
结构序列联合表征…优化
17
结构序列联合表征用于耐药性突变分析
目标=突变序列 · 蛋白结构变化与药物分子响应联合建模 · 支持耐药机制解释与药物重定位
结构序列联合表征…目标=突变序列
18
联合表征模型的可解释性工程
目标=注意力可视化 · 归因分析 · 子结构-序列对齐
联合表征模型的可…目标=注意力可视…
19
联合表征模型的评估体系
目标=回归与分类指标 · 排序指标 · 校准
联合表征模型的评…目标=回归
20
联合表征工程中的训练与推理优化
目标=分布式训练 · 混合精度 · 图批处理
联合表征工程训练
21
联合表征工程中的MLOps与实验管理
目标=模型版本 · 数据版本 · 超参搜索
MLOps联合表征工程
22
联合表征工程中的隐私、安全与合规
目标=数据脱敏 · 联邦学习 · 差分隐私
联合表征工程隐私
23
案例实战一
目标=构建小分子-靶点联合表征模型并… · 覆盖数据准备 · 模型搭建
案例实战一目标=构建小分子
24
案例实战二
目标=构建抗体序列-结构联合表征模型… · 覆盖CDR建模 · 联合编码与排序评估
案例实战二目标=构建抗体序…
25
案例实战三
目标=构建核酸药物序列-结构联合表征…
案例实战三目标=构建核酸药…
26
案例实战四
目标=基于联合表征的虚拟筛选流水线 · 从化合物库构建 · 嵌入检索到候选分子优先级排序
案例实战四目标=基于联合表…
27
案例实战五
目标=基于联合表征的ADMET多任务… · 覆盖多终点建模 · 缺失标签处理与模型部署
案例实战五ADMET
28
联合表征工程中的失败模式与调试
目标=数据泄漏 · 模态失衡 · 负样本偏差
联合表征工程失败模式
29
联合表征工程的前沿方向
目标=大模型 · 多组学融合 · 生成式结构序列协同设计
联合表征工程的前…目标=大模型
30
课程综合项目
目标=面向真实药物研发问题 · 设计并实现结构序列联合表征工程方案 · 完成报告
课程综合项目目标=面向真实药…