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分子蛋白多模态建模工程

共计 30 章节
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01
课程导入与工程全景
目标=分子蛋白多模态建模的定义 · 技术栈 · 典型应用场景与完整项目生命周期
课程导入工程全景
02
分子与蛋白数据对象解析
目标=小分子SMILES · 蛋白氨基酸序列 · 3D结构
分子蛋白数据对象解析
03
多模态数据采集与预处理工程
目标=从ChEMBL · PDB · UniProt
多模态数据采集预处理工程
04
分子模态特征工程
目标=分子图构建 · 原子与键特征 · 指纹
分子模态特征工程目标=分子图构建
05
蛋白模态特征工程
目标=序列编码 · 预训练语言模型嵌入 · 结构图构建与残基级特征提取
蛋白模态特征工程目标=序列编码
06
多模态融合架构设计
目标=早期融合 · 晚期融合 · 交叉注意力与图-序列联合编码器的工程…
多模态融合架构设…目标=早期融合
07
分子蛋白相互作用预测任务建模
目标=二分类 · 亲和力回归与结合位点预测的模型输出设…
分子蛋白相互作用…目标=二分类
08
数据划分与泄漏防控
目标=骨架拆分 · 序列相似性聚类 · 时间切分与多模态数据泄漏的工程处理
数据划分泄漏防控
09
训练管线工程化
目标=数据加载 · 批处理 · 混合精度
训练管线工程化目标=数据加载
10
分子蛋白多模态模型的评估体系
目标=AUC · PR-AUC · RMSE
分子蛋白多模态模…AUC
11
基线模型与消融实验
目标=从单模态到多模态的对比设计 · 特征贡献分析与可复现实验记录
基线模型消融实验
12
过拟合与泛化挑战
目标=小样本 · 分布外测试 · 冷启动蛋白与新型分子骨架的应对策略
过拟合泛化挑战
13
迁移学习与预训练策略
目标=分子预训练 · 蛋白语言模型微调与跨模态对比学习的工…
迁移学习预训练策略
14
图神经网络在分子蛋白建模中的工程实现
目标=消息传递 · 图池化 · 异构图与可扩展性优化
图神经网络分子蛋白建模
15
Transformer与注意力机制在多模态建模中的应用
目标=序列-结构-图 token 化…
Transformer注意力机制
16
三维结构感知建模
目标=等变网络 · 几何深度学习与分子对接姿态的融合方法
三维结构感知建模目标=等变网络
17
多任务与多目标优化
目标=同时预测活性 · 毒性 · 选择性与ADMET的损失平衡与梯度冲…
多任务多目标优化
18
模型可解释性与归因分析
目标=注意力可视化 · 子结构归因 · 残基重要性映射与工程报告生成
模型可解释性归因分析
19
主动学习与实验迭代
目标=不确定性采样 · 湿实验反馈闭环与模型持续更新流程
主动学习实验迭代
20
分子生成与蛋白条件生成
目标=基于多模态条件的分子生成 · 优化与可合成性评估
分子生成蛋白条件生成
21
蛋白设计与分子适配
目标=给定小分子的蛋白口袋优化 · 序列设计与结合亲和力提升
蛋白设计分子适配
22
多模态模型部署与推理服务
目标=ONNX/TensorRT导出 · 批推理 · API设计与低延迟工程优化
多模态模型部署推理服务
23
大规模数据与模型版本管理
目标=特征存储 · 模型注册 · 实验追踪与可复现流水线
大规模数据模型版本管理
24
云原生与高性能计算
目标=GPU集群调度 · 容器化 · 工作流引擎与成本优化
云原生高性能计算
25
隐私、安全与合规
目标=数据许可 · 模型偏见 · 生物安全风险与负责任AI工程规范
隐私安全
26
真实案例一
目标=基于多模态图-序列模型的激酶抑…
真实案例一目标=基于多模态…
27
真实案例二
目标=蛋白-配体结合亲和力预测与虚拟…
真实案例二目标=蛋白
28
真实案例三
目标=多模态抗体-抗原相互作用建模与…
真实案例三目标=多模态抗体
29
真实案例四
目标=从公开数据到私有数据的跨域迁移…
真实案例四目标=从公开数据…
30
课程综合项目与前沿展望
目标=端到端多模态建模系统设计 · 答辩评审与领域发展趋势
课程综合项目前沿展望