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药物分子生成模型工程

共计 30 章节
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01
药物分子生成工程导论
目标=药物发现流程中的分子生成定位 · 生成模型工程的核心任务 · 从算法到可交付系统的全链路概览
药物分子生成工程…目标=药物发现流…
02
分子表示与特征工程
目标=SMILES · SELFIES · 分子图
分子表示特征工程
03
药物分子数据工程
目标=ChEMBL · ZINC · PubChem等数据源接入
药物分子数据工程ChEMBL
04
生成模型基础与选型
目标=变分自编码器 · 生成对抗网络 · 自回归模型
生成模型基础选型
05
序列生成模型工程
目标=基于RNN · Transformer的SMILES… · 词表构建
序列生成模型工程RNN
06
图生成模型工程
目标=基于图神经网络的自回归与非自回… · 节点与边生成顺序 · 邻接矩阵建模
图生成模型工程目标=基于图神经…
07
3D分子生成模型工程
目标=扩散模型与等变网络在3D构象生… · 坐标表示 · 等变性约束
3D分子生成模型…目标=扩散模型
08
条件生成与可控生成
目标=以靶点 · 活性 · ADMET性质
条件生成可控生成
09
多目标分子生成
目标=同时优化活性 · 选择性 · 毒性
多目标分子生成目标=同时优化活…
10
分子生成中的强化学习
目标=策略梯度 · PPO · REINVENT框架在分子优化中的工…
分子生成强化学习
11
潜空间优化与贝叶斯优化
目标=在VAE潜空间或图潜空间中进行… · 遗传算法 · 贝叶斯优化
潜空间优化贝叶斯优化
12
分子生成模型训练工程
目标=损失函数设计 · 批次构建 · 学习率调度
分子生成模型训练…目标=损失函数设…
13
生成分子的合法性、唯一性与新颖性评估
目标=指标定义 · 计算工具 · 基准测试集与常见评估陷阱
生成分子的合法性唯一性
14
生成分子的药物相似性与类药性评估
目标=QED · SAscore · Lipinski规则
生成分子的药物相…类药性评估
15
生成分子的ADMET预测与集成
目标=ADMET预测模型接入 · 不确定性量化 · 多模型投票与生成-评估闭环
ADMET生成分子的
16
生成分子的合成可及性与逆合成分析
目标=SAscore · 逆合成工具 · 反应规则库与可合成性约束的生成集成
生成分子的合成可逆合成分析
17
分子生成中的对接与打分
目标=分子对接工具集成 · 打分函数选择 · 生成-对接-筛选流水线与计算成本控制
分子生成对接
18
生成模型的主动学习与迭代优化
目标=主动学习循环 · 实验反馈整合 · 代理模型更新与样本高效生成
生成模型的主动学…迭代优化
19
分子生成模型的可解释性与可视化
目标=注意力可视化 · 潜空间降维 · 生成路径追踪与化学家可理解的解释报告
分子生成模型的可…可视化
20
分子生成系统的工程架构
目标=微服务 · 任务队列 · 模型服务化
分子生成系统的工…目标=微服务
21
分子生成流水线的编排与自动化
目标=工作流引擎 · 任务依赖管理 · 失败重试
分子生成流水线的…自动化
22
分子生成模型的部署与推理优化
目标=模型量化 · 剪枝 · ONNX/TensorRT转换
分子生成模型的部…推理优化
23
分子生成中的隐私与安全
目标=数据脱敏 · 联邦学习 · 模型窃取防护与生成分子知识产权管理
分子生成隐私
24
分子生成模型的持续学习与更新
目标=增量学习 · 灾难性遗忘缓解 · 模型版本回滚与A/B测试
分子生成模型的持…更新
25
案例实战
目标=针对特定靶点的活性分子生成 · 模型训练 · 条件生成到对接筛选的完整项目
案例实战目标=针对特定靶…
26
案例实战
目标=多目标ADMET优化分子生成 · 强化学习调优与候选分子排序
案例实战ADMET
27
案例实战
目标=3D构象生成与结合模式预测 · 构象采样 · 聚类与结合口袋兼容性评估
案例实战目标=3D构象生…
28
案例实战
目标=合成可及性约束下的分子生成 · 反应可行性过滤与生成-合成闭环
案例实战目标=合成可
29
分子生成模型的基准测试与竞赛
目标=GuacaMol · MOSES等基准 · 排行榜分析
分子生成模型的基…竞赛
30
前沿与展望
目标=大语言模型 · 多模态生成 · 量子计算辅助生成等趋势
前沿目标=大语言模型