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本课程属于：028-蛋白结构预测与序列智能工程 生命科学与数字医疗 · 共 10 门相关课程，组合学习更完整。
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蛋白结构比对与功能分析工程

共计 30 章节
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01
蛋白结构比对工程导论
目标=课程目标 · 结构比对在功能分析中的工程定位 · 核心任务链与数据流
蛋白结构比对工程…目标=课程目标
02
结构数据获取与质量控制
目标=PDB · AlphaFold DB · EMDB等来源
结构数据获取质量控制
03
结构比对中的坐标系与变换
目标=刚体变换 · 旋转矩阵 · 四元数
结构比对坐标系
04
结构相似性度量体系
目标=RMSD · TM-score · GDT
结构相似性度量体…RMSD
05
全局结构比对算法
目标=CE · FATCAT · DALI
全局结构比对算法CE
06
局部结构比对与基序搜索
目标=ProSMART · SSM · 片段匹配
局部结构比对基序搜索
07
柔性结构比对
目标=FATCAT-flexible · FlexProt · 基于图或聚类的柔性对齐方法
柔性结构比对FATCAT-flexi…
08
多结构比对工程
目标=MUSTANG · MAMMOTH-mult · PROMALS3D的流程
多结构比对工程MUSTANG
09
结构比对中的序列信息融合
目标=序列-结构联合比对 · profile-HMM与结构约束的整…
结构比对序列信息融合
10
结构比对质量评估与基准
目标=SCOP · CATH · BAliBASE
结构比对质量评估基准
11
结构比对结果的功能注释
目标=映射保守残基 · 活性位点 · 结合界面与突变影响
结构比对结果的功…目标=映射保守残…
12
蛋白-蛋白相互作用界面比对
目标=界面残基定义 · 界面相似性 · 复合物结构比对工具
蛋白蛋白相互作用界面…
13
蛋白-配体结合口袋比对
目标=口袋检测 · 形状与化学特征比对 · 药效团映射
蛋白配体结合口袋比对
14
结构域与超家族分析
目标=结构域划分 · SCOP/CATH分类 · 结构域比对与进化关系推断
结构域超家族分析
15
同源建模与结构比对
目标=模板选择 · 比对修正 · 模型质量评估与功能推断
同源建模结构比对
16
分子动力学轨迹的结构比对
目标=构象聚类 · 主成分分析 · 动态交叉相关与功能运动
分子动力学轨迹的…目标=构象聚类
17
冷冻电镜与低分辨率结构比对
目标=密度图拟合 · 刚体拟合 · 柔性拟合与模型修正
冷冻电镜低分辨率结构比对
18
结构比对在药物发现中的应用
目标=靶点相似性 · 脱靶预测 · 片段替换与先导化合物优化
结构比对药物发现
19
抗体结构与功能分析
目标=CDR比对 · 人源化评估 · 亲和力成熟中的结构比对策略
抗体结构功能分析
20
酶功能与底物特异性分析
目标=活性位点比对 · 底物通道 · 催化残基保守性与工程改造
酶功能底物特异性分析
21
膜蛋白结构比对
目标=跨膜区对齐 · 螺旋包装 · 构象变化与功能状态比较
膜蛋白结构比对目标=跨膜区对齐
22
固有无序蛋白的结构比对
目标=无序区表示 · 集合比对 · 功能 motif 识别与限制
固有无序蛋白的结…目标=无序区表示
23
结构比对中的机器学习
目标=深度度量学习 · 图神经网络 · 对比学习与结构嵌入
结构比对机器学习
24
大规模结构比对流水线
目标=并行化 · GPU加速 · 数据库索引与分布式计算框架
大规模结构比对流…目标=并行化
25
结构比对结果的可视化与报告
目标=PyMOL · ChimeraX · UCSF DOCK
结构比对结果的可…报告
26
结构比对数据库与API
目标=PDBeFold · Dali server · TM-align server
API结构比对数据库
27
案例实战一
目标=从PDB到功能注释——激酶家族…
案例实战一PDB
28
案例实战二
目标=病毒蛋白变异株结构比对与免疫逃…
案例实战二目标=病毒蛋白变…
29
案例实战三
目标=工业酶热稳定性改造中的结构比对…
案例实战三目标=工业酶热稳…
30
工程化项目综合
目标=构建可复用的蛋白结构比对与功能…
工程化项目综合目标=构建可复用…