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本课程属于：028-蛋白结构预测与序列智能工程 生命科学与数字医疗 · 共 10 门相关课程，组合学习更完整。
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蛋白复合物结构预测工程

共计 30 章节
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01
蛋白复合物结构预测工程导论
目标=课程定位 · 核心任务 · 工程化流程与评价体系概览
蛋白复合物结构预…目标=课程定位
02
蛋白复合物数据基础
目标=PDB · EMDB · AlphaFold DB等数据库的复…
蛋白复合物数据基…PDB
03
复合物序列与结构预处理
目标=多链序列比对 · 模板搜索 · 结构解析与缺失残基处理
复合物序列结构预处理
04
蛋白复合物相互作用特征工程
目标=界面残基 · 接触图 · 距离约束与共进化信号的提取
蛋白复合物相互作…目标=界面残基
05
同源建模与模板拼接
目标=多链模板选择 · 比对修正 · 环区建模与复合物组装
同源建模模板拼接
06
分子对接基础与工程实现
目标=刚性对接 · 半柔性对接 · 采样策略与打分函数
分子对接基础工程实现
07
基于共进化与约束的复合物预测
目标=DCA · EVcouplings · 约束生成与结构优化
基于共进化约束的复合物预测
08
AlphaFold-Multimer工程实践
目标=输入准备 · MSA构建 · 模型运行与输出解析
AlphaFold-Mu…工程实践
09
RoseTTAFold与复合物预测
目标=架构特点 · 多链输入处理与结果评估
RoseTTAFold复合物预测
10
深度学习对接方法
目标=EquiBind · DiffDock等方法的原理 · 部署与适用场景
深度学习对接方法EquiBind
11
复合物结构精修与能量最小化
目标=力场选择 · 溶剂化 · 离子条件与精修流程
复合物结构精修能量最小化
12
复合物预测质量评估
目标=DockQ · TM-score · lDDT
复合物预测质量评…DockQ
13
不确定性估计与置信度分析
目标=pLDDT · PAE · 预测误差与可靠性判断
不确定性估计置信度分析
14
抗体-抗原复合物预测工程
目标=CDR建模 · 对接 · 界面优化与亲和力成熟分析
抗体抗原复合物预测工…
15
多聚体与对称复合物预测
目标=同源多聚体 · 对称性检测与组装校正
多聚体对称复合物预测
16
膜蛋白复合物预测
目标=膜环境建模 · 跨膜区处理与界面预测策略
膜蛋白复合物预测目标=膜环境建模
17
蛋白-多肽复合物预测
目标=短肽构象采样 · 柔性对接与结合位点识别
蛋白多肽复合物预测
18
蛋白-核酸复合物预测
目标=DNA/RNA结合界面 · 核酸结构处理与复合物建模
蛋白核酸复合物预测
19
蛋白-小分子复合物预测
目标=口袋检测 · 共折叠方法与结合模式评估
蛋白小分子复合物预测
20
复合物预测中的构象变化
目标=柔性对接 · 系综建模与多构象采样
复合物预测构象变化
21
大规模复合物预测流水线
目标=任务调度 · 并行计算 · 资源管理与自动化
大规模复合物预测…目标=任务调度
22
复合物结构预测的容器化与可复现性
目标=Docker · Singularity · Conda与工作流管理
复合物结构预测的…可复现性
23
基于HPC与云的复合物预测
目标=GPU加速 · 作业提交 · 存储优化与成本控制
HPC基于
24
复合物预测结果的可视化与报告
目标=PyMOL · ChimeraX · 界面图与自动化报告生成
复合物预测结果的…报告
25
实验数据整合的复合物预测
目标=交联质谱 · 冷冻电镜密度图 · SAXS等约束融合
实验数据整合的复…目标=交联质谱
26
复合物预测的基准测试与盲测
目标=CASP · CAPRI · 社区评估与性能对比
复合物预测的基准…盲测
27
复合物预测中的错误诊断与修正
目标=常见失败模式 · 界面冲突与迭代优化
复合物预测错误诊断
28
蛋白复合物设计中的结构预测应用
目标=突变效应 · 界面设计与工程改造
蛋白复合物设计结构预测应用
29
复合物预测工程实战
目标=从靶标选择到最终模型的完整项目…
复合物预测工程实…目标=从靶标选择…
30
前沿进展与工程展望
目标=基础模型 · 生成式方法 · 自动化实验室与未来挑战
前沿进展工程展望