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本课程属于：028-蛋白结构预测与序列智能工程 生命科学与数字医疗 · 共 10 门相关课程，组合学习更完整。
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蛋白序列相似性智能分析工程

共计 30 章节
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01
蛋白序列相似性分析工程导论
目标=课程目标 · 核心问题 · 工程化视角下的相似性分析流程与典型应…
蛋白序列相似性分…目标=课程目标
02
蛋白序列数据获取与质量控制
目标=从UniProt · NCBI等数据库批量获取序列 · 处理缺失
蛋白序列数据获取质量控制
03
序列比对基础与相似性度量
目标=替换矩阵 · 空位罚分 · 一致性
序列比对基础相似性度量
04
双序列比对算法实现与优化
目标=Needleman-Wunsc… · 内存优化与并行化策略
双序列比对算法实…优化
05
数据库搜索工具实战
目标=BLAST · MMseqs2 · DIAMOND的安装
数据库搜索工具实…BLAST
06
多序列比对工程化
目标=Clustal Omega · MAFFT · MUSCLE的批量运行
多序列比对工程化Clustal
07
序列特征提取与向量化表示
目标=k-mer频率 · 位置特异性打分矩阵 · 词嵌入与预训练蛋白语言模型表示
序列特征提取向量化表示
08
相似性矩阵计算与大规模检索
目标=基于向量化表示的近似最近邻搜索 · 聚类与索引构建
相似性矩阵计算大规模检索
09
同源序列检测与直系同源推断
目标=OrthoFinder · InParanoid等工具的使用 · 结果解读与工程化流程
同源序列检测直系同源推断
10
蛋白家族分类与聚类
目标=基于相似性网络的MCL · CD-HIT · MMseqs2聚类
蛋白家族分类聚类
11
序列相似性在功能注释中的应用
目标=通过同源转移注释 · GO术语映射与自动化注释流水线
序列相似性功能注释
12
结构域与保守 motif 识别
目标=Pfam · InterPro · MEME等工具集成
motif结构域
13
系统发育分析中的相似性工程
目标=多序列比对到树构建的自动化流程 · 模型选择与大规模并行计算
系统发育分析相似性工程
14
蛋白序列相似性分析中的机器学习
目标=特征工程 · 分类模型 · 度量学习与相似性评分融合
蛋白序列相似性分…机器学习
15
深度学习在序列相似性中的应用
目标=卷积网络 · 循环网络 · Transformer与对比学习用于…
深度学习序列相似性
16
蛋白语言模型与嵌入相似性
目标=ESM · ProtBERT等模型提取嵌入 · 计算余弦相似度与下游任务评估
蛋白语言模型嵌入相似性
17
相似性分析流程的容器化与可复现
目标=Docker · Singularity · Conda与工作流管理（Nextfl…
相似性分析流程的…可复现
18
大规模序列相似性计算的分布式架构
目标=Spark · Dask · MPI与GPU加速在序列比对和搜索中…
大规模序列相似性…Spark
19
相似性搜索结果的质量评估与基准测试
目标=ROC · PR曲线 · 覆盖度
相似性搜索结果的…基准测试
20
蛋白序列相似性分析在药物发现中的应用
目标=靶点识别 · 脱靶预测 · 抗体相似性评估与工程化案例
蛋白序列相似性分…药物发现
21
宏基因组与元蛋白质组中的相似性搜索
目标=大规模样本处理 · 低复杂度序列过滤与快速分类
宏基因组元蛋白质组
22
蛋白序列相似性分析在合成生物学中的应用
目标=酶功能预测 · 途径挖掘与工程化改造中的相似性筛选
蛋白序列相似性分…合成生物学
23
相似性分析中的隐私与安全
目标=序列数据脱敏 · 联邦学习 · 加密计算与合规性考量
相似性分析隐私
24
蛋白序列相似性分析的可视化与交互
目标=热图 · 网络图 · 比对浏览器与Web服务集成
蛋白序列相似性分…交互
25
自动化报告与决策支持系统
目标=从相似性结果到可解释报告 · 阈值推荐与工程化决策流程
自动化报告决策支持系统
26
蛋白序列相似性分析工程案例一
目标=构建一个可扩展的同源搜索与注释…
蛋白序列相似性分…目标=构建一个可…
27
蛋白序列相似性分析工程案例二
目标=基于嵌入的大规模蛋白家族聚类与…
蛋白序列相似性分…目标=基于嵌入的…
28
蛋白序列相似性分析工程案例三
目标=面向药物靶点的相似性筛选与脱靶…
蛋白序列相似性分…目标=面向药物靶…
29
蛋白序列相似性分析工程案例四
目标=宏基因组样本的快速物种与功能相…
蛋白序列相似性分…目标=宏基因组样…
30
课程总结与前沿展望
目标=工程化最佳实践 · 未解决问题 · 新兴技术趋势与持续学习路径
课程总结前沿展望