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本课程属于：028-蛋白结构预测与序列智能工程 生命科学与数字医疗 · 共 10 门相关课程，组合学习更完整。
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蛋白功能预测建模工程

共计 30 章节
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01
蛋白功能预测建模工程导论
目标=课程定位 · 核心问题 · 工程化流程与典型应用场景
蛋白功能预测建模…目标=课程定位
02
蛋白功能预测的数据基础
目标=氨基酸序列 · 结构 · 注释数据库与功能标签体系
蛋白功能预测的数…目标=氨基酸序列
03
功能预测任务定义与建模目标
目标=分类 · 回归 · 多标签
功能预测任务定义建模目标
04
蛋白序列特征工程
目标=理化性质 · 进化信息 · 保守性
蛋白序列特征工程目标=理化性质
05
蛋白结构特征工程
目标=二级结构 · 溶剂可及性 · 接触图
蛋白结构特征工程目标=二级结构
06
进化与同源信息建模
目标=MSA · PSSM · HMM profile与同源迁移策略
进化同源信息建模
07
蛋白语言模型与嵌入表示
目标=预训练模型选择 · 微调策略与特征提取
蛋白语言模型嵌入表示
08
功能标签体系与数据标注
目标=GO · EC · Pfam
功能标签体系数据标注
09
数据划分与评估陷阱
目标=同源泄漏 · 时间切分 · 类别不平衡与分布偏移
数据划分评估陷阱
10
基线模型构建
目标=逻辑回归 · 随机森林 · SVM与梯度提升在功能预测中的应用
基线模型构建目标=逻辑回归
11
深度学习序列模型
目标=CNN · RNN · Transformer在蛋白功能预测…
深度学习序列模型CNN
12
图神经网络与结构关系建模
目标=残基图 · 接触图 · 蛋白-配体图与功能推断
图神经网络结构关系建模
13
多模态融合建模
目标=序列 · 结构 · 进化与文本注释的联合表示学习
多模态融合建模目标=序列
14
多标签与层次化功能预测
目标=标签相关性 · 层次约束与损失函数设计
多标签层次化功能预测
15
酶功能预测实战
目标=EC号预测 · 催化活性分类与反应类型推断
酶功能预测实战EC
16
GO术语预测实战
目标=分子功能 · 生物过程与细胞组分的多标签建模
GO术语预测实战
17
蛋白-配体结合功能预测
目标=结合位点 · 亲和力与特异性建模
蛋白配体结合功能预测
18
突变效应与功能影响预测
目标=致病性 · 稳定性与活性变化建模
突变效应功能影响预测
19
蛋白-蛋白相互作用功能预测
目标=界面识别 · 复合物功能与网络推断
蛋白蛋白相互作用功能…
20
模型训练工程
目标=损失函数 · 优化器 · 学习率调度与正则化策略
模型训练工程目标=损失函数
21
超参数调优与模型选择
目标=搜索策略 · 交叉验证与多目标评估
超参数调优模型选择
22
模型解释与功能归因
目标=注意力 · 显著性图 · SHAP与残基重要性分析
模型解释功能归因
23
不确定性量化与可信预测
目标=贝叶斯方法 · 集成学习与校准评估
不确定性量化可信预测
24
迁移学习与少样本功能预测
目标=领域适应 · 元学习与数据高效建模
迁移学习少样本功能预测
25
模型部署与推理服务
目标=ONNX · TorchScript · API封装与批处理优化
模型部署推理服务
26
功能预测流水线工程
目标=数据版本 · 实验追踪 · 自动化训练与持续集成
功能预测流水线工…目标=数据版本
27
大规模蛋白功能注释系统
目标=检索 · 预测 · 排序与人工审核闭环
大规模蛋白功能注…目标=检索
28
基准测试与竞赛实战
目标=CAFA · CASP · FLIP等任务与评测指标
基准测试竞赛实战
29
前沿方向与开放问题
目标=零样本预测 · 生成式建模与多任务统一框架
前沿方向开放问题
30
课程综合项目
目标=从数据到部署的端到端蛋白功能预…
课程综合项目目标=从数据到部…