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本课程属于：028-蛋白结构预测与序列智能工程 生命科学与数字医疗 · 共 10 门相关课程，组合学习更完整。
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蛋白序列表征学习与下游任务工程

共计 30 章节
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01
课程导入与全景认知
目标=蛋白序列表征学习的定义 · 核心价值 · 下游任务类型
课程导入全景认知
02
蛋白质序列数据基础与工程化预处理
目标=FASTA格式解析 · 序列清洗 · 去冗余
蛋白质序列数据基…工程化预处理
03
序列特征工程经典方法
目标=独热编码 · k-mer频率 · 物理化学属性
序列特征工程经典…目标=独热编码
04
词向量与浅层序列嵌入
目标=Word2Vec · GloVe · FastText在蛋白序列上的训练流…
词向量浅层序列嵌入
05
卷积神经网络用于蛋白序列表征
目标=一维卷积 · 残差连接 · 膨胀卷积
卷积神经网络用于…目标=一维卷积
06
循环神经网络与序列建模
目标=LSTM · GRU · 双向结构
循环神经网络序列建模
07
Transformer与自注意力机制
目标=位置编码 · 多头注意力 · 层归一化
Transformer自注意力机制
08
预训练语言模型在蛋白序列中的应用
目标=BERT · RoBERTa · ELECTRA
预训练语言模型蛋白序列
09
蛋白质专用预训练模型
目标=ESM · ProtTrans · UniRep
蛋白质专用预训练…ESM
10
结构感知表征学习
目标=从序列到结构的桥接 · 接触图预测 · 图神经网络
结构感知表征学习目标=从序列到结…
11
多模态蛋白表征融合
目标=序列 · 结构 · 进化
多模态蛋白表征融…目标=序列
12
表征学习中的自监督与对比学习
目标=对比损失 · 数据增强 · 负采样
表征学习自监督
13
表征质量评估与可视化
目标=嵌入空间可视化 · 聚类分析 · 相似性检索
表征质量评估可视化
14
下游任务一
目标=蛋白功能预测：GO注释预测 · EC酶分类 · 多标签分类
下游任务一GO
15
下游任务二
目标=亚细胞定位与蛋白定位预测 · 多定位 · 膜蛋白识别
下游任务二目标=亚细胞定位
16
下游任务三
目标=蛋白-蛋白相互作用预测 · 负样本采样 · 图表示
下游任务三目标=蛋白
17
下游任务四
目标=蛋白-配体结合亲和力与结合位点… · 结合位点残基预测 · 虚拟筛选流程
下游任务四目标=蛋白
18
下游任务五
目标=蛋白稳定性与突变效应预测 · 表达量 · 突变致病性
下游任务五目标=蛋白稳定性
19
下游任务六
目标=蛋白结构相关预测：二级结构 · 无序区 · 跨膜区
下游任务六目标=蛋白结构相…
20
下游任务七
目标=蛋白设计中的表征学习：序列生成 · 条件生成 · 抗体设计
下游任务七目标=蛋白设计
21
迁移学习与领域自适应
目标=预训练-微调 · 特征提取 · 适配器
迁移学习领域自适应
22
模型压缩与高效推理工程
目标=知识蒸馏 · 量化 · 剪枝
模型压缩高效推理工程
23
大规模蛋白序列检索与嵌入索引
目标=向量数据库 · 近似最近邻搜索 · 序列聚类
大规模蛋白序列检…嵌入索引
24
主动学习与实验闭环
目标=不确定性估计 · 多样性采样 · 贝叶斯优化
主动学习实验闭环
25
可解释性与可信赖AI
目标=注意力可视化 · 归因分析 · 模体发现
AI可解释性
26
蛋白表征学习的数据工程与版本管理
目标=数据标注 · 众包 · 数据库集成
蛋白表征学习的数…版本管理
27
训练工程与超参数优化
目标=分布式训练 · 混合精度 · 学习率调度
训练工程超参数优化
28
下游任务工程化项目实战一
目标=从原始序列到功能预测API · 数据准备 · 模型选型
下游任务工程化项…API
29
下游任务工程化项目实战二
目标=突变效应预测与实验验证闭环 · 基线构建 · 模型迭代
下游任务工程化项…目标=突变效应预…
30
课程总结与前沿展望
目标=核心方法回顾 · 工程最佳实践 · 开放挑战
课程总结前沿展望