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组学数据可复现分析工程

共计 30 章节
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01
可复现分析工程导论
目标=组学数据可复现性的定义 · 危机案例 · 工程化思维与课程全景
可复现分析工程导…目标=组学数据可…
02
组学数据对象与格式
目标=FASTQ · BAM · VCF
组学数据对象格式
03
分析项目目录结构设计
目标=面向可复现的目录规范 · 命名约定 · 原始数据与衍生数据分离
分析项目目录结构…目标=面向可复现…
04
版本控制与组学项目
目标=Git 管理代码 · 配置 · 小数据与文档
版本控制组学项目
05
计算环境记录
目标=conda · mamba · pip
计算环境记录conda
06
容器化基础
目标=Docker 与 Singul… · 镜像版本控制与可移植运行
容器化基础Docker
07
工作流管理系统入门
目标=Snakemake · Nextflow · CWL 的适用场景与最小可复现示例
工作流管理系统入…Snakemake
08
工作流模块化与复用
目标=规则封装 · 子工作流 · 配置分离与跨项目复用策略
工作流模块化复用
09
参数与配置文件管理
目标=YAML · JSON · TOML 统一管理分析参数
参数配置文件管理
10
数据溯源与元数据
目标=样本表 · 实验设计 · 分析步骤的机器可读记录与溯源链构建
数据溯源元数据
11
随机性与并行计算
目标=随机种子 · 线程数 · 批次效应与可复现结果的关系
随机性并行计算
12
中间结果与缓存策略
目标=检查点 · 增量计算 · 缓存失效与重跑一致性保障
间结果缓存策略
13
日志与错误处理
目标=结构化日志 · 失败重试 · 断点续跑与可复现调试
日志错误处理
14
测试驱动组学分析
目标=单元测试 · 集成测试 · 小数据快照测试与回归验证
测试驱动组学分析目标=单元测试
15
持续集成与持续交付
目标=GitHub Actions · GitLab CI 在组学工作流中的…
持续集成持续交付
16
可复现报告生成
目标=R Markdown · Quarto · Jupyter Notebook 的…
可复现报告生成Markdown
17
交互式结果探索
目标=Shiny · Streamlit · Observable 在可复现分析中…
交互式结果探索Shiny
18
组学数据版本控制
目标=DVC · Git LFS · 数据湖与对象存储的版本管理实践
组学数据版本控制DVC
19
计算资源与调度
目标=本地 · HPC · 云平台的任务提交
计算资源调度
20
跨平台可复现
目标=路径 · 换行符 · 文件系统差异与跨操作系统一致性保障
跨平台可复现目标=路径
21
转录组可复现分析实战
目标=从原始 FASTQ 到差异表达…
转录组可复现分析…FASTQ
22
变异检测可复现分析实战
目标=从比对 · 变异 calling 到过滤与注释的…
变异检测可复现分…目标=从比对
23
宏基因组可复现分析实战
目标=从质控 · 组装 · 分箱到物种与功能注释的流程封装
宏基因组可复现分…目标=从质控
24
单细胞组学可复现分析实战
目标=从计数矩阵到聚类 · 注释与差异分析的版本化流程
单细胞组学可复现…目标=从计数矩阵…
25
多组学整合可复现分析实战
目标=数据对齐 · 批次校正 · 联合建模与结果溯源
多组学整合可复现…目标=数据对齐
26
可复现性审计与评审
目标=分析清单 · FAIR 原则 · RO-Crate 与可复现性检查表
可复现性审计评审
27
结果归档与长期保存
目标=代码 · 环境 · 数据
结果归档长期保存
28
协作与团队规范
目标=分支策略 · 代码评审 · 问题追踪与组学项目协作流程
协作团队规范
29
性能优化与可扩展性
目标=并行化 · 资源效率 · 大规模组学数据的可复现工程调优
性能优化可扩展性
30
综合项目
目标=独立设计并实现一个端到端可复现… · 完成评审与发布
综合项目目标=独立设计并…