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生物信息分析工作流工程

共计 30 章节
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01
课程导入与工作流工程全景
目标=从测序数据到可复现分析 · 理解工作流工程的定义 · 边界
课程导入工作流工程全景
02
生物信息数据对象与文件格式
目标=FASTQ · FASTA · SAM/BAM
生物信息数据对象文件格式
03
工作流语言与描述模型
目标=比较Shell脚本 · Make · Snakemake
工作流语言描述模型
04
Snakemake核心机制
目标=规则 · 通配符 · 输入输出
Snakemake核心机制
05
Nextflow核心机制
目标=process · channel · operator
Nextflow核心机制
06
工作流依赖解析与执行调度
目标=DAG构建 · 拓扑排序 · 并行执行
工作流依赖解析执行调度
07
环境隔离与依赖管理
目标=Conda · Mamba · Docker
环境隔离依赖管理
08
配置管理与参数化设计
目标=配置文件 · 样本表 · 参数分层
配置管理参数化设计
09
工作流中的资源管理
目标=CPU · 内存 · GPU
工作流资源管理
10
测序数据质控工作流实战
目标=FastQC · MultiQC · Trimmomatic/fastp的…
测序数据质控工作…FastQC
11
序列比对与后处理工作流实战
目标=BWA/Bowtie2比对 · SAMtools排序去重 · MarkDuplicates
序列比对后处理工作流实战
12
变异检测工作流实战
目标=GATK/Bcftools最佳… · 从BAM到VCF的SNP/Indel… · 过滤与注释
变异检测工作流实…GATK/Bcftool…
13
RNA-seq表达定量工作流实战
目标=HISAT2/STAR比对 · featureCounts/HTSe… · DESeq2差异分析流程编排
RNA-seq表达定量工作流实…
14
宏基因组分析工作流实战
目标=Kraken2/MetaPhl… · 组装 · 基因预测与功能注释的流程化组织
宏基因组分析工作…Kraken2/Meta…
15
工作流中的容器化封装
目标=为每个工具构建Docker镜像 · 编写Dockerfile · 实现工具版本与依赖的完全锁定
工作流容器化封装
16
工作流测试与验证
目标=单元测试 · 集成测试 · 小数据集测试
工作流测试验证
17
工作流可复现性工程
目标=版本锁定 · 随机种子 · 时间戳
工作流可复现性工…目标=版本锁定
18
工作流日志与监控
目标=结构化日志 · 执行追踪 · 性能剖析
工作流日志监控
19
工作流错误处理与容错
目标=异常捕获 · 重试策略 · 检查点
工作流错误处理容错
20
云平台与HPC上的工作流部署
目标=Slurm · SGE · AWS Batch
HPC云平台
21
工作流性能优化
目标=并行策略 · 数据本地化 · 缓存复用
工作流性能优化目标=并行策略
22
工作流版本控制与协作
目标=Git管理流程代码 · 分支策略 · 代码评审
工作流版本控制协作
23
工作流文档与用户手册
目标=自动生成文档 · 参数说明 · 示例数据
工作流文档用户手册
24
工作流安全与合规
目标=数据隐私 · 访问控制 · 审计日志
工作流安全合规
25
工作流成本管理
目标=云资源计费模型 · 存储生命周期 · 计算实例选型与成本优化实战
工作流成本管理目标=云资源计费…
26
多组学整合工作流
目标=将基因组 · 转录组 · 表观组
多组学整合工作流目标=将基因组
27
工作流编排与外部系统集成
目标=与数据库 · API · 样本管理系统
工作流编排外部系统集成
28
工作流复用与模块化设计
目标=子工作流 · 模块仓库 · 包装器
工作流复用模块化设计
29
工作流基准测试与性能评估
目标=基准数据集 · 评估指标 · 工具比较
工作流基准测试性能评估
30
综合项目
目标=从原始测序数据到最终报告 · 设计 · 实现
综合项目目标=从原始测序…