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RNA测序文库构建与质量控制

共计 30 章节
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01
RNA测序文库构建总览
目标=从样本到上机的完整流程 · 关键节点与质控逻辑
RNA测序文库构建总览
02
RNA样本采集与保存
目标=不同样本类型的采集规范 · 保存液选择 · 降解风险与现场操作要点
RNA样本采集
03
RNA提取与纯度评估
目标=Trizol法 · 柱式法 · 磁珠法对比
RNA提取
04
RNA完整性检测
目标=Agilent Bioanal… · TapeStation与凝胶电泳的R… · 判读标准与常见异常图谱
RNA完整性检测
05
rRNA去除与mRNA富集策略
目标=poly(A)捕获 · rRNA探针去除 · 珠粒选择与投入量优化
rRNAmRNA
06
RNA片段化与逆转录
目标=片段化时间温度控制 · 随机引物与oligo(dT)引物选择 · 第一链与第二链合成要点
RNA片段化
07
末端修复与加A尾
目标=酶学反应原理 · 缓冲液兼容性 · 磁珠纯化与片段筛选窗口设定
末端修复加A尾
08
接头连接与索引引入
目标=Y型接头 · 发夹接头 · index设计
接头连接索引引入
09
文库扩增与循环数优化
目标=PCR酶选择 · 循环数滴定 · 过度扩增识别与重复序列偏好性控制
文库扩增循环数优化
10
链特异性文库构建
目标=dUTP法 · Illumina链特异性方案 · 方向性判读与反义链污染排查
链特异性文库构建dUTP
11
低起始量RNA文库构建
目标=单细胞 · 微量RNA · FFPE样本的扩增策略
RNA低起始量
12
降解RNA样本的文库构建
目标=DV200指导的投入量调整 · 片段化补偿与降解样本数据质量预判
RNA降解
13
文库纯化与片段筛选
目标=SPRI磁珠比例优化 · 双轮筛选 · 片段分布目标与回收率平衡
文库纯化片段筛选
14
文库定量方法
目标=Qubit · qPCR · Bioanalyzer与TapeSt…
文库定量方法Qubit
15
文库质量评估
目标=片段大小分布 · 接头二聚体 · rRNA残留
文库质量评估目标=片段大小分…
16
qPCR文库定量与摩尔浓度计算
目标=标准曲线 · 扩增效率 · 片段长度校正与上机摩尔浓度计算
qPCR文库定量
17
测序平台与文库适配
目标=Illumina · MGI · PacBio
测序平台文库适配
18
上机前文库混合与变性
目标=pooling策略 · 变性稀释 · PhiX添加比例与上机样品排布
上机前文库混合变性
19
测序质控指标解读
目标=Q30 · 簇密度 · 比对率
测序质控指标解读Q30
20
文库构建中的污染控制
目标=环境气溶胶 · index交叉污染 · 试剂残留与阴性对照设置
文库构建污染控制
21
RNA-seq重复性与批次效应
目标=生物学重复 · 技术重复 · 批次设计
RNA-seq重复性
22
FFPE样本RNA文库构建实战
目标=降解评估 · 投入量决策 · 文库构建方案选择与数据质量预期
FFPERNA
23
单细胞RNA测序文库构建
目标=液滴法 · 板式法 · UMI与barcode设计
RNA单细胞
24
空间转录组文库构建
目标=组织切片RNA捕获 · 透化优化 · 文库结构与质控特殊要求
空间转录组文库构…RNA
25
小RNA与circRNA文库构建
目标=片段选择 · 接头连接偏好 · 环化富集与质控指标差异
RNAcircRNA
26
文库构建自动化
目标=移液工作站 · 磁珠纯化模块 · 程序优化与自动化质控数据追踪
文库构建自动化目标=移液工作站
27
文库构建失败排查
目标=常见失败模式 · 电泳图谱异常 · qPCR异常与逐步诊断流程
文库构建失败排查目标=常见失败模…
28
RNA-seq数据与文库质量关联
目标=文库指标对下游差异表达 · 可变剪接与融合基因检测的影响
RNA-seq数据
29
质量控制SOP与记录规范
目标=从样本接收至文库入库的SOP编… · 质控阈值设定与电子实验记录
SOP质量控制
30
课程综合实战
目标=给定样本与目标 · 设计完整RNA-seq文库构建与质控…
课程综合实战目标=给定样本